Bases de datos primarias de modelos tridimensionales determinados empíricamente
| abrir en una nueva ventanaBMRB |
BioMagResBank. Repositorio de datos de espectroscopia de RMN en biomoléculas. El BMRB forma parte de la wwPDB. Las coordenadas y los datos de restricción son liberados por el PDB, mientras que otros datos espectrales de RMN (como los desplazamientos químicos, las constantes de acoplamiento y los parámetros de relajación) son archivados por el BMRB.
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| abrir en una ventana nuevaCSD |
The Cambridge Structural Database. Repositorio comercial de estructuras cristalinas de pequeñas moléculas orgánicas, incluyendo polipéptidos cortos y polisacáridos (CSD con licencia WIS)
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| abrir en una nueva ventanaNDB |
Repositorio de información estructural sobre ácidos nucleicos. Las estructuras se archivan tanto en la wwPDB como en la NDB.
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| Abrir en una nueva ventanawwPDB |
El Banco Mundial de Datos de Proteínas (wwPDB) es el depósito único reconocido internacionalmente de todas las estructuras tridimensionales macromoleculares publicadas y determinadas empíricamente. Se puede acceder al archivo PDB a través de los siguientes portales:
- abrir en una nueva ventanaRCSB PDB (USA)
- MSD-EBI (Europa)
- abrir en nueva ventanaPDBj (Japón)
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Alertas |
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abrir en nueva ventanaPDBalert |
Sistema automático de sistema que avisa a los usuarios tan pronto como una estructura PDB con homología a una proteína de interés está disponible |
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soaPDB |
Herramienta web para la generación y organización de búsquedas PDB guardadas, incluyendo alertas automáticas por correo electrónico |
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abrir en ventana nuevaSeqAlert  |
Sistema automático que avisa a los usuarios en cuanto está disponible una estructura PDB con homología a una proteína de interés |
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Bases de datos estructurales relacionadas (derivadas)
| Biblioteca de Jena |
La base de datos tiene como objetivo integrar la información relativa a los modelos estructurales en el PDB con un énfasis en la visualización y el análisis. |
| abrir en nueva ventanaMMDB |
Base de datos de estructuras 3-D del NCBI. El NCBI ha cruzado los datos estructurales con la información bibliográfica, con las bases de datos de secuencias y con la taxonomía del NCBI. Incluye herramientas para la visualización de secuencias y estructuras (Cn3D). |
| abrir en nueva ventanaOCA |
OCA, una base de datos de navegación para la estructura/función de las proteínas. OCA integra datos de varias open in new windowsources con énfasis en la información de la estructura-función de la secuencia. |
| abrir en nueva ventanaPDBsum |
La PDBsum es una base de datos pictórica que proporciona una visión general del contenido de cada estructura 3D depositada en la PDB. Muestra la(s) molécula(s) que componen la estructura (es decir, cadenas de proteínas, ADN, ligandos e iones metálicos) y diagramas esquemáticos de sus interacciones. |
| PDBWiki |
Base de conocimientos anotada por la comunidad sobre estructuras moleculares biológicas e información relacionada. |
| abrir en una nueva ventanaProteopedia |
Enciclopedia wiki colaborativa de proteínas y otras estructuras de macromoléculas. Proteopedia contiene una página para cada entrada de la wwPDB, así como páginas interactivas hechas por los usuarios que tienen como objetivo presentar la información de estructura/función de una manera fácil de usar para una amplia audiencia científica. Proteopedia emplea una herramienta de autoría de escenas fácil de usar. |
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Bases de datos de clasificación estructural
| CATH |
Base de datos de clasificación jerárquica
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| abrir en una ventana nuevaSCOP |
Base de datos de clasificación jerárquica
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| abrir en una ventana nuevaLa base de datos Dali |
Clasificación de pliegues basada en la alineación estructura-estructura de las proteínas
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| TOPS |
Base de datos de topologías de proteínas
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Bases de datos estructurales especializadas
Las siguientes bases de datos se centran en familias de proteínas específicas u otras macromoléculas biológicas e incluyen información estructural derivada de la wwPDB.
| abrir en nueva ventanaAmyPDB |
Proteínas amiloides, |
| abrir en nueva ventanaAnticuerpos |
Citocromo P450 |
| abrir en nueva ventanaCAZy |
Enzimas activas de los carbohidratos enzimas |
| CyBase |
Proteínas cíclicas |
| abrir en nueva ventanaCYPED |
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| abrir en una ventana nuevaEC→PDB |
Enzimas |
| abrir en una ventana nuevaESTHER |
Alfa/beta hidrolasas homólogas a las colinesterasas |
| abrir en nueva ventanaEyeSite |
Proteínas que funcionan en el ojo |
| abrir en nueva ventanaGLYCO3D |
Carbohidratos, Lectinas, Glicosiltransferasas, Gag binding proteins |
| GlycoSuite |
Glicanos |
| glycoSCIENCE |
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| abrir en una ventana nuevaGPCRDB |
G protein-receptores acoplados a proteínas G |
| abrir en una ventana nuevaHIV Structural Database |
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| abrir en una ventana nuevaHMPDb |
Proteínas mitocondriales humanas |
| abrir en ventana nuevaHmrbase |
Hormonas |
| abrir en ventana nuevaHomeodomain Resource |
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| abrir en ventana nuevaKNOTIN |
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| abrir en ventana nuevaLS-SNP/PDB |
SNP anotados noSNPs sinónimos mapeados a estructuras PDB |
| MEROPS |
Peptidasas |
| MDB |
Metalloproteínas |
| MemPro |
Proteínas de membrana |
| MPDB |
Proteínas de membrana proteínas |
| RNA FRABASE |
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| SAAPdb |
Mapping SNPs and pathogenic (PDs) a datos estructurales de proteínas |
| SDAP |
Proteínas alergénicas |
| EF-Mano |
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Bases de datos de modelos tridimensionales determinados teóricamente
Las siguientes bases de datos incluyen modelos tridimensionales de proteínas calculados mediante modelado comparativo. Antes de iniciar su propio proyecto de modelado comparativo, pruebe estas bases de datos.
abrir en nueva ventanaMODBASE |
Cálculos automáticos con ModPipe
abrir en nueva ventanaPMP |
Modelos de estructuras de diferentes recursos (CSMP, JCSG, MCSG, NESG, NYSGXRC, JCMM, ModBase, SWISS-MODEL Repository)
abrir en nueva ventanaSWISS MODEL Repository |
Cálculos automáticos con SWISS_MODEL
