Sin embargo, aparte de la irritación, las moscas se desplazan con frecuencia de un huésped a otro y del ano a la cara o a las lesiones abiertas; en consecuencia, pueden ser vehículos peligrosos para muchos organismos infecciosos. Ejemplos bacterianos, en particular en el Caribe y partes de Sudamérica, incluyen la transmisión de Treponema pallidum pertenue, la espiroqueta que causa el pian. De forma menos específica, cualquiera de las especies bacterianas puede causar conjuntivitis aguda en humanos (conjuntivitis), y comprensiblemente la incidencia de la conjuntivitis tiende a aumentar bruscamente cuando las especies relevantes de Chloropidae están pululando.
Haemophilus influenzae biotipo aegyptius es el patógeno que causa la muy peligrosa fiebre purpúrica brasileña; en los niños suele ser rápidamente mortal, y varias especies de la familia Chloropidae son potenciales transmisores de la enfermedad.
Como otro ejemplo de transporte bacteriano, algunas especies de Chloropidae pueden ser portadoras de diversas cepas de infecciones cutáneas por estreptococos.
Aparte de los patógenos bacterianos, los Chloropidae también pueden transmitir enfermedades víricas; en particular, se ha demostrado que son portadores del virus de la estomatitis vesicular.
Una larva de Batrachomyia parasita a una rana Litoria genimaculata
Aunque los Chloropidae no suelen atacar directamente a los vertebrados, las larvas de las moscas de la rana australianas, del género Batrachomyia, son una excepción. Causan miasis en las ranas. La mosca madre, como la mayoría de los Chloropidae adultos, se alimenta principalmente de jugos de plantas, pero pone sus huevos cerca de la rana. Las larvas excavan bajo la piel del cuerpo en lugar de la cabeza o las patas, y allí forman hinchazones visibles en las que permanecen como parásitos, presumiblemente alimentándose de sangre y otros fluidos corporales. La mayoría de las ranas anfitrionas sobreviven, pero algunas mueren.