Contador de clasificaciones de términos GO

CateGOrizer, antes conocido como «Contador de clasificaciones de términos GO», es una herramienta web mejorada y gratuita para que los usuarios analicen por lotes conjuntos de datos de términos GO en términos de las clases GO que representan. Una característica útil de la ontología de genes (GO) es que ayuda a describir las jerarquías de términos básicos y las relaciones entre términos en el contexto de la biología. Suele ser una tarea ardua conseguir una imagen clara de cómo un conjunto de términos GO está representado por las categorías de genes de GO. Esta herramienta web simplifica el proceso de razonamiento de la base de datos mediante la agrupación y categorización de las clases de GO con respecto a un método de clasificación dado, como GO-Slim, aprovechando la relación de términos precalculada basada en el cierre transitivo de la base de datos GO. Esta herramienta está compuesta por un conjunto de programas perl CGI acoplados a un DBMS MySQL que almacena los datos del DAG de términos GO.

	INTRODUCCIÓN: El análisis por lotes de las anotaciones GO para los grupos de función de los genes es una parte útil del análisis de datos de microarrays o EST de alto rendimiento. El programa toma la entrada de los términos GO (por ejemplo, GO:0007067) en un formato de lista o en un archivo de texto plano sin formato, realiza una clasificación por pasos frente a uno de los métodos de clasificación GO disponibles, como GO_slim, GOA, EGAD, MGI_GO_slim, GO-ROOT, etc. a elección del usuario, o frente a uno de sus propios métodos de clasificación, y luego devuelve los resultados en la web (si tarda demasiado, enviará un correo electrónico al usuario con el enlace de los resultados). Los resultados incluyen una tabla con todos los recuentos y porcentajes finales, junto con un gráfico circular.
	Preguntas: El uso de la herramienta es tan fácil como seguir estos tres pasos: Paso 3: Contar las ocurrencias de los términos GO en cada clase ancestral Un video tutorial (japonés)
	PREGUNTAS Y RESPUESTAS: Para el uso correcto de esta herramienta y preguntas relacionadas, consulte esta lista dePreguntas Frecuentes (FAQ). Si tiene alguna pregunta que no esté cubierta por estas FAQ, no dude en hacérnosla llegar.Se agradecen todos los comentarios sobre problemas y sugerencias para mejorar la herramienta.
	PUBLICACIONES: Zhi-Liang Hu, Jie Bao y James M. Reecy (2008) «CateGOrizer: A Web-Based Program to Batch Analyze Gene Ontology Classification Categories». Online Journal of Bioinformatics. 9 (2):108-112. Citaciones de Google: 244 para 2020 Zhi-Liang Hu, Jie Bao y James M. Reecy (2007). «Un contador de clasificaciones de términos de la ontología genética (GO)». Plant & Animal Genome XV Conference, San Diego, CA, January 13-17, 2007.