Počítání životaschopných buněk
Existuje řada způsobů, jak spočítat počet bakterií ve vzorku. Počet životaschopných buněk umožňuje určit počet aktivně rostoucích/dělících se buněk ve vzorku. Metoda počítání na destičkách nebo rozprostřených destičkách spočívá v tom, že bakterie rostou v kolonii na živném médiu. Kolonie je viditelná pouhým okem a lze spočítat počet kolonií na destičce. Aby bylo ředění původního vzorku účinné, musí být uspořádáno tak, aby v průměru vyrostlo 30 až 300 kolonií cílové bakterie. Méně než 30 kolonií způsobuje, že interpretace není statisticky průkazná, a více než 300 kolonií často vede k překrývání kolonií a nepřesnosti v počítání. Aby se zajistilo, že se vytvoří odpovídající počet kolonií, kultivuje se obvykle několik ředění. Laboratorní postup zahrnuje přípravu sériových ředění vzorku (1:10, 1:100, 1:1000 atd.) ve sterilní vodě a jejich kultivaci na živném agaru v uzavřené a inkubované misce. Typická média zahrnují Plate count agar pro celkový počet nebo MacConkey agar pro počet gramnegativních bakterií, jako je E. coli. Obvykle se jedna sada destiček inkubuje při 22 °C po dobu 24 hodin a druhá sada při 37 °C po dobu 24 hodin. Složení živné půdy obvykle obsahuje činidla, která brání růstu necílových organismů a umožňují snadnou identifikaci cílového organismu, často podle změny barvy média. Některé nejnovější metody obsahují fluorescenční činidlo, takže počítání kolonií lze automatizovat. Na konci inkubační doby se kolonie spočítají okem, což je postup, který trvá několik okamžiků a nevyžaduje mikroskop, protože kolonie mají obvykle průměr několik milimetrů.
Metoda nalévacích destiček se používá, pokud se při analýze hledají bakteriální druhy, které špatně rostou na vzduchu. Počáteční analýza se provádí smícháním sériových ředění vzorku v tekutém živném agaru, který se pak nalije do lahviček. Lahve se pak uzavřou a položí na bok, aby vznikl šikmý povrch agaru. Kolonie, které se vytvoří v těle média, lze po inkubaci spočítat okem. Celkový počet kolonií se označuje jako celkový počet životaschopných kolonií (TVC). Jednotkou měření je cfu/ml (neboli jednotky tvořící kolonie na mililitr) a vztahuje se k původnímu vzorku. Výpočet je násobkem spočteného počtu kolonií vynásobeného použitým ředěním. Příkladem počtu životaschopných buněk jsou rozprostřené destičky ze sériového ředění kapalné kultury a nálevové destičky. Při použití roztírací destičky se provede sériové ředění v tekutém médiu a poté se rozetře známý objem z poslední zkumavky v sérii ředění. Kolonie na destičce lze poté spočítat a vypočítat koncentraci bakterií v původní kultuře. Při metodě pour plate se zředěný bakteriální vzorek smíchá s roztaveným agarem a pak se tato směs nalije do Petriho misky. Opět se spočítají kolonie a vypočítá se počet životaschopných buněk
.