Plíce jsou vystaveny obrovskému množství vzduchu a potenciálně infekčním agens, ale k závažným infekcím dochází jen zřídka, což svědčí o mimořádné přirozené obranyschopnosti dýchacích cest. Mezi nejčastější příčiny bakteriálních plicních infekcí u normálních hostitelů patří Streptococcus pneumoniae, Haemophilus species, Staphylococcus aureus a Mycobacterium tuberculosis. U ohrožených hostitelů jsou bakteriální příčiny pneumonií mnohem širší, včetně druhů, které nejsou obvykle považovány za vysoce virulentní u lidí. Infekce jedním z těchto neobvyklých bakteriálních druhů skutečně vyžaduje hledání imunokompromitujícího stavu. Normální obrana dýchacích cest zahrnuje nespecifické fyzikální faktory („mukociliární eskalátor“) a vrozené faktory, včetně defensinů, lysozymu a fagocytujících buněk (polymorfonukleární leukocyty, plicní alveolární makrofágy a dendritické buňky). Antibakteriální obranu posilují opsoniny, včetně těch vnitřně přítomných (surfaktant a složky komplementu) a indukovaných imunoglobulinů. Mezi imunokompromitující stavy, při nichž se často vyskytují bakteriální plicní infekce, patří (mimo jiné) hypogamaglobulinemie, chronické granulomatózní onemocnění a primární ciliární dyskineze. Každý z těchto stavů ilustruje zásadní úlohu postiženého prvku vrozeného a adaptivního imunitního systému při udržování sterility dolních dýchacích cest.