- Primární databáze empiricky určených 3-D modelů
- Související strukturní databáze
- Databáze strukturní klasifikace
- Specializované strukturní databáze
- Databáze teoreticky určených 3-D modelůD modelů
- Primární databáze empiricky určených 3-D modelů
- Související (odvozené) strukturní databáze
- Strukturní klasifikační databáze
- Specializované strukturní databáze
- Následující databáze se zaměřují na konkrétní rodiny proteinů nebo jiné biologické makromolekuly a obsahují strukturní informace získané z wwPDB.
- Databáze teoreticky stanovených 3-D modelů
- Následující databáze obsahují 3-D modely proteinů vypočtené srovnávacím modelováním. Než se pustíte do vlastního projektu srovnávacího modelování, vyzkoušejte tyto databáze.
- otevřít v novém okněRCSB PDB (USA)
- MSD-EBI (Evropa)
- otevřít v novém okněPDBj (Japonsko)
| otevřít v novém okněBMRB |
BioMagResBank. Úložiště dat z NMR spektroskopie biomolekul. BMRB je součástí wwPDB. Souřadnice a omezující data uvolňuje PDB, zatímco ostatní data ze spekter NMR (např. chemické posuny, vazební konstanty a relaxační parametry) archivuje BMRB.
|
|
|---|---|---|
| otevřít v novém okněCSD |
The Cambridge Structural Database. Komerční úložiště krystalových struktur malých organických molekul včetně krátkých polypeptidů a polysacharidů (WIS s licencí CSD)
|
|
| otevřít v novém okněNDB |
Úložiště strukturních informací o nukleových kyselinách. Struktury jsou archivovány jak ve wwPDB, tak v NDB.
|
|
| otevřít v novém okněwwPDB |
Světová banka proteinových dat (wwPDB) je mezinárodně uznávané jednotné úložiště všech publikovaných makromolekulárních trojrozměrných struktur určených empiricky. Archiv PDB je přístupný prostřednictvím následujících portálů: |
|
| Alerts | ||
| otevřít v novém okněPDBalert | Automaticky. systém, který uživatele upozorní, jakmile je k dispozici struktura PDB s homologií k proteinu, který ho zajímá | |
| soaPDB | Webový nástroj pro vytváření a organizaci uložených vyhledávání v PDB, včetně automatických e-mailových upozornění | |
otevřít v novém okněSeqAlert  |
Automatický systém, který upozorňuje uživatele, jakmile je k dispozici struktura PDB s homologií k proteinu, který je předmětem zájmu | |
| . | ||
| Jena Library | Cílem databáze je integrovat informace týkající se strukturních modelů v PDB s důrazem na vizualizaci a analýzu. |
|---|---|
| otevřít v novém okněMMDB | Báze Entrez 3-D struktur NCBI. NCBI propojila strukturní údaje s bibliografickými informacemi, s databázemi sekvencí a s taxonomií NCBI. Obsahuje nástroje pro vizualizaci sekvencí a struktur (Cn3D). |
| otevřít v novém okněOCA |
OCA, prohlížeč-databáze pro strukturu/funkci proteinů. OCA integruje data z několika open in new windows zdrojů s důrazem na sekvenčně-strukturně-funkční informace. |
| otevřít v novém okněPDBsum | PDBsum je obrazová databáze, která poskytuje okamžitý přehled o obsahu každé 3D struktury uložené v PDB. Zobrazuje molekuly, které strukturu tvoří (tj. proteinové řetězce, DNA, ligandy a ionty kovů), a schematické diagramy jejich interakcí. |
| PDBWiki | Komunitou komentovaná znalostní databáze biologických molekulárních struktur a souvisejících informací. |
| otevřít v novém okněProteopedia |
Kollaborativní wiki encyklopedie struktur proteinů a dalších makromolekul. Proteopedia obsahuje stránku pro každý záznam ve wwPDB a také interaktivní stránky vytvořené uživateli, jejichž cílem je prezentovat informace o struktuře/funkci uživatelsky přívětivým způsobem širokému vědeckému publiku. Proteopedia využívá snadno použitelný nástroj pro tvorbu scén. |
| CATH |
Hierarchická klasifikační databáze
|
|---|---|
| otevřít v novém okněSCOP |
Hierarchická klasifikační databáze
|
| otevřít v novém okněDaliho databáze |
Klasifikace založená na struktuře-structure alignment of proteins
|
| Báze TOPS |
Báze topologií proteinů
|
| otevřít v novém okněAmyPDB | Amyloidní proteiny, |
|---|---|
| otevřít v novém okněProtilátky | Cytochrom P450 |
| otevřít v novém okněCAZy | Carbohydrátově aktivní enzymy |
| CyBase | Cyklické proteiny |
| otevřít v novém okněCYPED | |
| otvírat v novém okněEC→PDB | Enzymy |
| otevřít v novém okněESTHER | Alfa/beta hydrolázy homologní cholinesterázám |
| otevřít v novém okněEyeSite | Proteiny, které fungují v oku |
| otevřít v novém okněGLYCO3D | Sacharidy, Lektiny, glykosyltransferázy, Gag vazebné proteiny |
| GlycoSuite | Glykany |
| glycoSCIENCE | |
| otevřít v novém okněGPCRDB | G proteiny-coupled receptors |
| otevřít v novém okněHIV Structural Database | |
| otevřít v novém okněHMPDb | Human mitochondrial proteins |
| otevřít v novém okně new windowHmrbase | Hormones |
| open in new windowHomeodomain Resource | |
| open in new windowKNOTIN | |
| open in new windowLS-SNP/PDB | Annotováno ne-synonymní SNP mapované na struktury PDB |
| MEROPS | Peptidasy |
| MDB | Metaloproteiny |
| MemPro | Membránové proteiny |
| MPDB | Membrány proteiny |
| RNA FRABASE | |
| SAAPdb | Mapování SNP a patogenní odchylek (PD) ke strukturním datům proteinů |
| SDAP | Alergenní proteiny |
| EF-Ruka | |
Databáze teoreticky stanovených 3-D modelů
Automatické výpočty pomocí ModPipe
Modely struktur z různých zdrojů (CSMP, JCSG, MCSG, NESG, NYSGXRC, JCMM, ModBase, SWISS-MODEL Repository)
Automatické výpočty pomocí SWISS_MODEL