Hluboko v poušti Chihuahuan je oblast kolem El Capitanu tvořena drsnými horami a větrem ošlehanými solnými pláněmi. V důsledku toho se většina indiánské přítomnosti v okolí soustředila asi 3 míle jihovýchodně od El Capitanu v oblasti, která se dnes nazývá Pine Springs. Tato oblast, která je oázou pramenů, pramenišť a vegetace, vykazuje důkazy (skládky meskalu, petroglyfy, artefakty atd.) o lidském osídlení po několik staletí. V poslední době byla oblast sezónním domovem skupin Apačů Mescalero, kteří byli v 18. století vytlačováni na jih zuřivými expanzionistickými Komanči a využívali místní znalosti pramenů a dalších vzácných zdrojů, aby se udrželi v jinak drsném prostředí až do 19. století, kdy angloamerická expanze a osídlení ukončily jejich jemně vyvážený způsob života.
Když se k oblasti kolem El Capitanu příležitostně přiblížila španělská výprava, například výprava Antonia de Espejo v roce 1582, trvalá anglo-evropská přítomnost v oblasti se datuje od konce 40. let 19. století, kdy se oblast po americkém vítězství v mexicko-americké válce oficiálně stala součástí Spojených států. V touze najít vhodnou cestu ze San Antonia do El Pasa a nakonec i do vzdálených amerických území na pobřeží Tichého oceánu se do horkých, suchých a nebezpečných oblastí na západ od řeky Pecos vydala řada výprav, které doufaly, že najdou potenciální vozovou cestu s dostatkem dřeva a vody, která by umožnila souvislé cestování. Jedna z výprav, vedená indiánským agentem Robertem S. Neighborsem, se v roce 1849 dostala do El Pasa obtížnou cestou, která vyžadovala překonání a opětovné překonání řek Pecos a Devil’s River a následné přežití dlouhého suchého úseku z Davis Mountains do El Pasa. Zděšená vyhlídkou na návrat stejnou cestou se skupina místo toho vydala na východ od El Pasa směrem k nádržím Hueco a průsmyku Guadalupe, po kterém doufala, že se dostane k osvědčenému přechodu přes řeku Pecos poblíž dnešní hranice mezi Texasem a Novým Mexikem, který dlouho používali Mexičané a původní obyvatelé Ameriky. Když se mu podařilo dosáhnout řeky Pecos, Neighbors rychle sestoupil po řece a vrátil se do San Antonia, kde svým nadřízeným oznámil, že tato trasa nabízí dobrou vodu v Hueco Tanks, dobré dřevo v blízkosti hor a snadnou cestu přes průsmyk Guadalupe k řece Pecos. Tato cesta, které se začalo říkat „horní“, aby se odlišila od původní „dolní“ cesty přes Fort Davis a po Rio Grande do El Pasa, se brzy stala oblíbenou mezi obchodníky a vystěhovalci, jejichž dlouhé kolony vozů a mul projížděly v blízkosti zádumčivé tváře El Capitana. Tento provoz se zvýšil v roce 1858, kdy Butterfieldovy dostavníky začaly využívat horní silnici mezi El Pasem a brodem na řece Pecos zvaným Pope’s Crossing, podle Johna Popea, armádního důstojníka, který tento přechod dva roky předtím vyměřil. Dostavník využil dostupné vody a dřeva a postavil stanici v Pinery, později nazývané Pine Springs, 3 míle jihovýchodně od El Capitanu. I když tato stanice vydržela jen rok, než byla trasa přesunuta na jih pod ochranu pevností Stockton a Davis, stanice Pinery byla ještě dlouho využívána vojáky, nákladními loděmi a emigranty.
V tomto období byl El Capitan také svědkem solné války v El Pasu, násilného boje mezi mexicko-americkými obyvateli a angloamerickými podnikateli o přístup k solným pláním táhnoucím se západně od úpatí hory. Solné pláně, které byly Apačům dlouho známé, byly poprvé identifikovány Evropany v roce 1692 výpravou Diega de Vargase. Generace Mexičanů a později Mexičanů a Američanů se rychle staly důležitým místním zdrojem a odvážně zdolávaly horkou, nebezpečnou čtyřdenní cestu ze San Elizaria na Rio Grande do pohoří Hueco a pak na východ k El Capitanu, aby naplnily své vozy vzácnou solí. To vše se změnilo koncem 40. let 19. století, kdy se v regionu začali ve větší míře vyskytovat Angličané. Zatímco mexické zákony a tradice považovaly solné pláně za společný majetek, americká tradice je považovala za nevyžádanou půdu, kterou si mohl nárokovat každý občan a koupit ji jako soukromý majetek. V 70. letech 19. století se pokusy místních podnikatelů získat solné pláně setkávaly s prudkým odporem místních obyvatel, pro které byla bezplatná sůl důležitým doplňkem regionální ekonomiky zemědělství a rančerství. Konflikt vyvrcholil v prosinci 1877, kdy rozzuřený dav zavraždil Charlese Howarda, který se pokoušel solné pláně získat, a jeho dva kolegy. To rychle vedlo k rozsáhlým násilnostem proti místním mexicko-americkým rodinám, což mnohé z nich přimělo k útěku na jih od Rio Grande. Než se prach usadil, byly solné pláně nárokovány a místní obyvatelé byli nuceni platit za sůl, která byla po staletí zdarma.
V prvních desetiletích 20. století byla mezi El Pasem a Karlovými Vary v Novém Mexiku vybudována silnice pro každé počasí. Silnice, uvedená do provozu v roce 1928 jako U.S. Highway 62, přivedla do oblasti novou generaci návštěvníků, zejména po otevření nedalekého národního parku Carlsbad Caverns v roce 1930. Již několik desetiletí před vznikem národního parku Guadalupe Mountains zastavovali cestující auty a autobusy na odpočívadlech u silnice, aby obdivovali strmé svahy El Capitanu, fotografovali se a psali rychlé vzkazy na zadní strany pohlednic s impozantní tváří hory.V tomto období vlastnil pozemky, na kterých se El Capitan nacházel, James Adolphus Williams, jehož dům Williams Ranch se dodnes nachází na pozemcích parku západně od hory. Po několika ekonomických neúspěších prodal Williams v roce 1941 pozemky soudci J. C. Hunterovi z Van Hornu v Texasu, prosperujícímu naftaři a prvnímu ochránci přírody, jehož ranč Guadalupe Mountains nakonec zahrnoval 75 000 akrů pozemků v Guadalupách, včetně části kaňonu McKittrick. Hunter byl prvním zastáncem zřízení parku na ochranu jižních Guadalup a vedl kampaň několik let až do své smrti v roce 1945. Hunterův syn J. C. Hunter mladší, který zdědil otcovo přání chránit tuto oblast pro její malebnost i geologický význam, spolupracoval s představiteli Správy národních parků na uzavření dohody, která by Správě parku umožnila odkoupit pozemky pro účely národního parku. Hunterův dar, který zahrnoval i El Capitan a Guadalupe Peak, byl nakonec v roce 1969 převeden na správu parku a musel projít strastiplnou cestou státních a federálních zákonodárců, úředníků parku a silničních inženýrů, stejně jako vlastníků nemovitostí a místních rančerů. O tři roky později byl oficiálně otevřen Národní park Guadalupe Mountains, který umožnil přístup veřejnosti do této oblasti.