Jezera, řeky a hory jsou přirozené hranice bez specifických značek v terénu.
Jezera a řeky
U jezer a řek vede hranice obvykle středem vodní plochy. Ženevské jezero tvoří hranici s Francií, řeka Rýn s Německem a řeka Inn s Rakouskem. Výjimkami z tohoto pravidla jsou řeka Doubs v kantonu Jura, kde hranici určuje švýcarský břeh, a řeka Morge v St-Gingolphu, kde hranici určuje horní okraj švýcarského břehu.
Tyto výjimky mají historické kořeny a odrážejí mocenské poměry zúčastněných států v době, kdy byly hranice určeny. Tamní vymezení hranic je dodnes zakotveno v mezinárodních smlouvách.
Zvláštním případem je Bodamské jezero, protože tři pobřežní státy Švýcarsko, Německo a Rakousko nikdy nedefinovaly právní hranici. Mezi těmito třemi státy byla vymezena pouze technická hranice. Jezero je považováno za kondominium pod svrchovaností tří států, které s ním sousedí. Veškeré záležitosti týkající se jeho hranice jsou řešeny písemnými dohodami mezi těmito zeměmi.
.