CateGOrizer, dříve známý jako „GO Terms Classifications Counter“, je vylepšený bezplatný webový nástroj pro uživatele, který umožňuje dávkovou analýzu datových souborů termínů GO z hlediska tříd GO, které reprezentují. Jednou z užitečných vlastností genové ontologie (GO) je, že pomáhá popisovat základní hierarchie termínů a vztahy mezi termíny v kontextu biologie. Obvykle je náročným úkolem vytvořit jasnou představu o tom, jak je soubor termínů GO reprezentován genovými kategoriemi GO. Tento webový nástroj zjednodušuje proces uvažování v databázi tím, že seskupuje a kategorizuje třídy GO podle daných klasifikačních metod, jako je GO-Slim, s využitím předem vypočtených vztahů mezi termíny na základě tranzitivního uzávěru databáze GO. Tento nástroj se skládá ze sady programů CGI v jazyce perl ve spojení s DBMS MySQL, který uchovává data DAG termínů GO.
 |
 ÚVOD:Dávková analýza anotací GO pro skupiny genových funkcí je užitečnou součástí analýzy vysoce výkonných mikročipů nebo EST dat. tento nástroj slouží uživatelům ke zjištění výskytů jejich GO termínů v rámci každé z předem definovaných sad nadřazených/předchozích GO termínů. Program přijímá vstupní údaje o termínechGO (např. GO:0007067) ve formátu seznamu nebo neformátovaného textového souboru, provádí postupnou klasifikaci podle jedné z dostupných metod GO slim, jako jsou GO_slim, GOA, EGAD, MGI_GO_slim, GO-ROOT atd. podle volby uživatele,r podle jedné z vlastních klasifikačních metod a poté vrátí výsledky na web (pokud to trvá příliš dlouho, pošle uživateli e-mail s odkazem na výsledky). Výsledky obsahují tabulku se seznamem všech konečných počtů a procent spolu s koláčovým grafem. |
 |
POUŽITÍ: Krok č. 3: Spočítejte výskyty termínů GO v každé třídě předků
|
 |
 OTÁZKY A ODPOVĚDI:Pro správné použití tohoto nástroje a související otázky viz tento seznamČasto kladených otázek (FAQ). Pokud máte jakoukoli otázku, která není zahrnuta v těchto často kladených dotazech, neváhejte nám ji sdělit. veškeré zpětné vazby na problémy a návrhy na zlepšení nástroje jsou vítány. |
|
PUBLIKACE:
Zhi-Liang Hu, Jie Bao a James M. Reecy (2008) „CateGOrizer: A Web-Based Program to Batch Analyze Gene Ontology Classification Categories“. Online Journal of Bioinformatics. 9 (2):108-112.
Zhi-Liang Hu, Jie Bao a James M. Reecy (2007). „A Gene Ontology (GO) Terms Classifications Counter“. Plant & Animal Genome XV Conference, San Diego, CA, January 13-17, 2007.
|
Videonávod (japonsky)
Citace na Googlu: 244 do roku 2020.