Johann van Beethoven byl synem Marie Josefy Ball (provdané 1733) a Lodewijka nebo Ludwiga van Beethovena (1712-1773; nezaměňovat se slavným Johannovým synem stejného jména), který se pravděpodobně narodil ve městě Mechelen v habsburském Nizozemí (nyní ve Flandrech v Belgii) nebo v jeho blízkosti a působil jako hudebník v několika obcích v Mechelenu a jeho okolí, než se v roce 1733 usadil v Bonnu, kde působil jako hudebník na dvoře kolínského knížete-arcibiskupa-volitele Clemense Augusta Bavorského a v roce 1761 povýšil na kapelníka. Také Johann van Beethoven projevil hudební nadání a v roce 1764 nastoupil ke dvoru, především jako zpěvák. Kromě zpěvu (jeho rozsah, ačkoli je obvykle popisován jako rozsah tenoru, mohl sahat až do altového a ještě vyššího rejstříku) hrál na housle a citeru, hrál a vyučoval hře na tehdejší klávesové nástroje včetně cembala a klavichordu.
Svoji budoucí manželku Marii Magdalenu Keverichovou (1746-1787) poznal na výletě na Ehrenbreitstein. Byla dcerou vrchního kuchaře trevírského arcibiskupského kurfiřta Johanna IX Philippa von Walderdorffa, jehož dvůr se tam nacházel, a měla rodinné kontakty ve dvorním orchestru v Bonnu. Keverich ovdověl již v devatenácti letech. S Johannem se vzali 12. listopadu 1767 v katolickém kostele svatého Remigia v Bonnu. Měli sedm dětí, z nichž tři se dožily dospělosti:
- Ludwig Maria van Beethoven (2. dubna 1769 – 6. dubna 1769)
- Ludwig van Beethoven (16. prosince 1770 v Bonnu, Kurköln – 26. března 1827)
- Kaspar Anton Karl van Beethoven (8. dubna 1774 – 15. listopadu 1815)
- Mikolaus Johann van Beethoven (2. října 1776 – 12. ledna 1848)
- Anna Maria Franziska van Beethoven (23. února 1779 – 23. února 1779) 27. února 1779)
- Franz Georg van Beethoven (17. ledna 1781 – 16. srpna 1783)
- Maria Margarete Josepha van Beethoven (5. května 1786 – 26. listopadu 1787)
Johann si uvědomil Ludwigův talent a stal se jeho prvním učitelem. Podle řady svědectví však byl hrubým otcem. „Bylo jen málo dní, kdy ho nebil, aby ho přinutil zasednout ke klavíru,“ vyprávěl jeden Ludwigův přítel z dětství. Jeden z dvorních radů uvedl, že Johann občas zavíral Ludwiga do sklepa. Kdykoli Ludwig hrál špatně, Johann vykřikoval, že je to pro rodinu ostuda. Johann byl alkoholik, což se ještě zhoršilo, když v roce 1787 zemřela Marie, po níž byla rodina stále více závislá na podpoře mladého Ludwiga. V roce 1789 dosáhl osmnáctiletý Ludwig nařízení, jehož výsledkem bylo, že polovina Johannovy mzdy byla odevzdávána na podporu rodiny.
Johann zemřel v roce 1792, nedlouho poté, co se Ludwig přestěhoval do Vídně, aby studoval u Josepha Haydna. Jeho zaměstnavatel kurfiřt sardonicky napsal svému příteli: „Výnosy ze spotřební daně z lihu utrpěly Beethovenovou smrtí ztrátu.“
.