Prognóza pacientů s MG bývá dobrá. Mírné případy MG je často lepší neléčit. Léčba vyžaduje vyhýbání se lékům, které mohou zhoršovat nervosvalový přenos, jako jsou aminoglykosidová antibiotika, chinolonová antibiotika, beta-blokátory, chlorochin, antiarytmika, blokátory kalciových kanálů, některá antikonvulziva a je třeba se vyhnout intravenóznímu podávání jodované kontrastní látky.
MG má charakteristicky variabilní průběh, přičemž četnost diplopie a ptózy je ovlivněna environmentálními, emočními a fyzickými faktory, jako je jasné sluneční světlo, stres, virové onemocnění, menstruace, těhotenství atd. U každého pacienta může dojít ke spontánní remisi, která přetrvává i několik let. Ve studii přirozeného průběhu generalizované MG mezi 168 pacienty (s průměrnou dobou sledování 12 let) došlo ke kompletní remisi u 14 % pacientů.
Pacienti s lehkou až středně těžkou oční myastenií jsou obvykle zpočátku léčeni perorálními anticholinesterázami, nejčastěji se používá Mestinon (pyridostigmin). S těmito přípravky nebyly provedeny žádné randomizované klinické studie a tato léčba je často neúspěšná, zejména při řešení diplopie. Poté je zahájena imunosupresivní léčba a lékem volby je obvykle prednison. V malé kontrolované studii prokázal tento lék větší účinnost než pyridostigmin. Steroidní terapie je kontroverzní, ale v jiné studii výsledky naznačují, že prednison skutečně snižuje progresi do generalizované MG. Vzhledem k nežádoucím účinkům běžně spojeným s chronickou léčbou kortikosteroidy a obtížím při vysazování steroidů bez zhoršení příznaků neexistuje jednotné doporučené dávkovací schéma. Odpověď na léčbu prednisonem je různá.
Pacienti s MG by navíc měli být vyšetřeni na přítomnost thymomů a v případě jejich nálezu by měli podstoupit chirurgické řešení tohoto stavu. Profylaktická thymektomie je kontroverzní, ale ukázalo se, že je užitečná u mladých pacientů s MG s akutním onemocněním do 3 let od začátku onemocnění, u pacientů se zvětšeným brzlíkem, pro které je operace málo riziková, a u pacientů s generalizovanou MG, kteří nereagují na medikamentózní léčbu.
Příznaky oční MG lze řešit i nemedikamentózními prostředky. Ptózu lze korigovat umístěním berliček na oční brýle a pomocí ptózní pásky k elevaci poklesu víček. Diplopii lze řešit okluzí pomocí záplatování očí, matných čoček, okluzních kontaktních čoček nebo prostým umístěním neprůhledné pásky přes část brýlí. Na brýle pacienta s diplopií lze také připevnit plastové hranoly (Fresnelovy hranoly), které umožňují vyrovnání vidění z obou očí v postiženém směru, ale jsou často problematické, pokud míra svalové slabosti, a tedy i oční nesouměrnosti, často kolísá.
.