Prezidentství a spor s Jacksonem
Když se v roce 1824 chýlilo ke konci druhé funkční období prezidenta Monroea, mezi jeho oficiálními poradci, z nichž tři – státní tajemník John Quincy Adams, ministr války John C. Calhoun a ministr financí William H. Crawford – usilovali o jeho nástupnictví, nepanovala dobrá nálada. Kandidáty byli také Henry Clay, předseda Sněmovny reprezentantů, a generál Andrew Jackson. Calhoun byl navržen na viceprezidenta. Z ostatních čtyř kandidátů na prezidenta získal Jackson 99 hlasů volitelů, Adams 84, Crawford 41 a Clay 37; protože nikdo z nich neměl většinu, rozhodovala Sněmovna reprezentantů, která se při výběru omezila na tři kandidáty, kteří získali největší počet hlasů. Clay, který po léta zaujímal vůči Jacksonovi kritický postoj, se svým vlivem vyslovil pro Adamse, jehož zvolení tak bylo zajištěno hned v prvním kole hlasování. O několik dní později Adams nabídl Clayovi úřad státního tajemníka, který Clay přijal. Jacksonovi stoupenci ho obvinili z „korupční dohody“ a Adamsovo funkční období proměnili ve čtyřletou kampaň, jejímž cílem bylo získat pro svého muže to, co považovali za jeho právoplatné místo, tedy prezidentský úřad.
Do té doby byla Adamsova kariéra téměř shodně úspěšná, ale jeho prezidentství (1825-29), během něhož země prosperovala, bylo kvůli zuřivému odporu jacksonovců ve většině ohledů politickým neúspěchem. Adams tvrdě pracoval, vstával mezi čtvrtou a šestou hodinou ranní a často se před snídaní procházel po městě nebo se koupal v řece Potomac. Jednou se málem utopil, když se rukávy jeho blůzy naplnily vodou a zatížily ho. Věděl však, že není mužem z lidu. Ve svém inauguračním projevu přiznal, že se „těší vaší důvěře méně… než kterýkoli z mých předchůdců“. Kromě jiných perspektivních návrhů upřednostňoval vytvoření národní univerzity a národní astronomické observatoře; přál si, aby západní území byla ve správě federální vlády a rozvíjela se jen postupně; a navrhoval rozsáhlé rozšíření silnic v zemi s federální pomocí. Kongres byl k jeho iniciativám většinou hluchý.
V roce 1828 byl Jackson zvolen prezidentem před Adamsem se 178 hlasy volitelů oproti Adamsovým 83 hlasům. Právě během Jacksonovy vlády vznikly nesmiřitelné rozpory mezi jeho stoupenci a Adamsovými stoupenci, kteří se stali známými jako Národní republikáni, kteří byli spolu s Antizednáři předchůdci Whigů. Adamsova silná nechuť k Jacksonovi a k tomu, co představoval, se nezmenšila. Když Harvardova univerzita v roce 1833 udělila Jacksonovi čestný titul, Adams se odmítl slavnostního ceremoniálu na své alma mater zúčastnit. Přislíbil, že nebude „přítomen tomu, aby byl svědkem ostudy při udělování jejích nejvyšších poct barbarovi, který neumí napsat ani gramatickou větu a sotva vyhláskuje své vlastní jméno.“
Adams se v roce 1829 uchýlil do soukromí v massachusettském městě Quincy, ale jen na krátkou dobu; v roce 1830 byl s velkou podporou členů protizednářského hnutí (politické síly vzniklé původně v opozici proti zednářství) zvolen členem celostátní Sněmovny reprezentantů. Když mu bylo naznačeno, že přijetí této funkce by bývalého prezidenta degradovalo, Adams odpověděl, že nikdo nemůže být degradován tím, že slouží lidu jako zástupce v Kongresu nebo výběrčí svého města. Ve Sněmovně reprezentantů působil od roku 1831 až do své smrti v roce 1848. Nevzdal se však naděje na znovuzvolení do prezidentského úřadu – ať už jako kandidát Antizednářské strany (v níž byl velmi aktivní, dokud tato strana měla politické možnosti), nebo Národní republikánské strany, nebo spojení obou, či dokonce pozdější Whigovské strany – vždy ve své mysli jako „muž celého národa“. Postupně se však tyto naděje rozplynuly.