Ačkoli se to často opomíjí, vzorky jádra vždy do určité míry degradují v procesu řezání jádra, manipulace s ním a jeho studia. Stále častěji se používají nedestruktivní techniky, např. skenování magnetickou rezonancí k charakterizaci zrn, pórových tekutin, pórových prostorů (pórovitosti) a jejich interakcí (tvořících součást propustnosti), ale taková drahá jemnost je pravděpodobně zbytečná u jádra, které se třáslo na neodpruženém nákladním autě 300 km po polní cestě. To, co se děje s jádry mezi zařízením pro vyzvedávání a konečnou laboratoří (nebo archivem), je často zanedbávanou součástí evidence a správy jader.
Jádra začala být uznávána jako důležitý zdroj dat a větší pozornost a péče je věnována prevenci poškození jader během různých fází jejich přepravy a analýzy. Obvyklým způsobem, jak toho dosáhnout, je úplné zmrazení jádra pomocí kapalného dusíku, který je levně dostupný. V některých případech se také používají speciální polymery, aby se jádro uchovalo a usadilo/ochránilo před poškozením.
Stejně tak vzorek jádra, který nelze vztáhnout k jeho kontextu (kde byl předtím, než se stal vzorkem jádra), ztratil velkou část svého přínosu. Identifikace vrtu a poloha a orientace („cesta vzhůru“) jádra ve vrtu je rozhodující, a to i v případě, že se vrt nachází v kmeni stromu – dendrochronologové se vždy snaží do svých vzorků zahrnout povrch kůry, aby bylo možné jednoznačně určit datum nejstaršího růstu stromu.
Pokud se tyto údaje od vzorků jádra oddělí, je zpravidla nemožné tyto údaje získat zpět. Náklady na vývrt se mohou pohybovat od několika měnových jednotek (za ručně zachycené jádro z měkkého půdního řezu) až po desítky milionů měnových jednotek (za boční jádra z odlehlého mořského vrtu v hloubce mnoha kilometrů). Nedostatečné zaznamenávání těchto základních údajů zničilo užitečnost obou typů jader.
Různé obory mají různé místní konvence zaznamenávání těchto údajů a uživatel by se měl seznámit s konvencemi své oblasti. Například v ropném průmyslu se orientace jádra obvykle zaznamenává tak, že se jádro označí dvěma podélnými barevnými pruhy, přičemž červený je vpravo, když se jádro vytahuje a označuje na povrchu. Jádra vytěžená pro těžbu nerostných surovin mohou mít vlastní, odlišné konvence. Stavební inženýrství nebo půdní studie mohou mít své vlastní, odlišné konvence, protože jejich materiály často nejsou dostatečně kompetentní k tomu, aby na nich bylo možné provádět trvalé značky.
Stále běžnější je uchovávat vzorky jader ve válcových obalech, které jsou součástí zařízení pro řezání jader, a na těchto „vnitřních sudech“ provádět záznamové značky v terénu před dalším zpracováním a analýzou v laboratoři. Někdy se jádro přepravuje z terénu do laboratoře v takové délce, v jaké vystupuje ze země; jindy se pro přepravu rozřeže na standardní délky (5 m nebo 1 m nebo 3 stopy) a pak se v laboratoři znovu sestaví. Některé systémy „vnitřního barelu“ je možné na vzorku jádra obrátit, takže v laboratoři jde vzorek při opětovném sestavení jádra „obráceně“. To může komplikovat interpretaci.
Pokud jsou ve vrtu provedena petrofyzikální měření stěnových hornin a tato měření jsou opakována po celé délce jádra a poté jsou oba soubory dat korelovány, zjistí se téměř vždy, že se hloubka „záznamu“ pro určitý kus jádra liší mezi oběma metodami měření. Kterému souboru měření věřit, se pak stává otázkou politiky zákazníka (v průmyslovém prostředí) nebo velkou kontroverzí (v kontextu bez nadřízené autority. Záznam o tom, že existují rozdíly, ať už z jakéhokoli důvodu, zachovává možnost pozdější opravy nesprávného rozhodnutí; zničení „nesprávných“ údajů o hloubce znemožňuje pozdější nápravu chyby. Jakýkoli systém pro uchovávání a archivaci dat a vzorků jader musí být navržen tak, aby bylo možné uchovat takovýto nesouhlasný názor.
Jsou-li vzorky jader z kampaně kompetentní, je běžnou praxí je „slabovat“ – podélně rozříznout vzorek na dva nebo více vzorků – poměrně brzy při laboratorním zpracování, aby bylo možné jednu sadu vzorků archivovat na počátku analytické sekvence jako ochranu před chybami při zpracování. Běžné je „rozdělení“ jádra na 2/3 a 1/3 sady. Je také běžné, že si jednu sadu ponechá hlavní zákazník, zatímco druhou sadu dostane vláda (která si často klade podmínku takového darování jako podmínku pro udělení licence na průzkum nebo těžbu). „Slabování“ má také tu výhodu, že se připraví rovný, hladký povrch pro zkoumání a testování propustnosti profilu, s nímž se pracuje mnohem snadněji než s obvykle drsným, zakřiveným povrchem vzorků jader, když jsou čerstvě po vyjmutí z jádrovacího zařízení. Fotografování surových a „slabbed“ povrchů jader je rutinní záležitostí, často v přirozeném i ultrafialovém světle.
Délková jednotka, která se občas používá v literatuře o jádrech mořského dna, je cmbsf, což je zkratka pro centimetry pod mořským dnem.
.