Ordenado sacerdote en 1844, el padre Seelos sirvió en varias parroquias de la Costa Este y del Medio Oeste como miembro de la comunidad redentorista de los Estados Unidos. Además de ser mentor de seminaristas durante varios años, también pasó una parte de su sacerdocio viajando por todo Estados Unidos predicando misiones parroquiales. Era un excelente predicador y su alegre personalidad ayudó a muchas personas a encontrar el camino de vuelta al Sacramento de la Confesión. El Padre Seelos pasó interminables horas en el confesionario y miles de personas experimentaron allí la misericordia de Dios a través de su gentileza. El Padre Seelos enfatizaba la importancia de la oración diaria, y la necesidad de priorizar la oración incluso más de lo habitual en los momentos en los que estamos ocupados, nos enfrentamos a tentaciones difíciles, o nos sentimos débiles en la fe.
Durante sus viajes, predicó en parroquias de la Diócesis de Toledo durante la década de 1860, incluyendo: Parroquia de San Patricio Histórico en Toledo, Parroquia de San Francisco de Sales en Toledo, Parroquia del Sagrado Corazón en Shelby y Parroquia de la Santísima Trinidad en Bucyrus. En 1866, se convirtió en párroco de la Parroquia de Santa María de la Asunción en Nueva Orleans, donde centró su ministerio en los pobres. Durante esa época hubo una epidemia de fiebre amarilla en Nueva Orleans. El padre Seelos se contagió del virus mortal mientras servía a los pobres. Murió el 4 de octubre de 1867 a la edad de 48 años. Aunque todavía no ha sido canonizado como santo, el Papa Juan Pablo II lo declaró «beato» en el año 2000.
Durante la misa en la que se declaró «beato» al padre Seelos, el Papa Juan Pablo II dijo lo siguiente:
En los diversos lugares donde trabajó, el padre Francisco Javier aportó su entusiasmo, su espíritu de sacrificio y su celo apostólico. A los abandonados y a los perdidos les predicaba el mensaje de Jesucristo, «fuente de salvación eterna» (Hb 5, 9), y en las horas pasadas en el confesionario convencía a muchos de volver a Dios. Hoy, el Beato Francisco Javier Seelos invita a los miembros de la Iglesia a profundizar su unión con Cristo en los sacramentos de la Penitencia y la Eucaristía. Por su intercesión, que todos los que trabajan en la viña por la salvación del pueblo de Dios sean alentados y fortalecidos en su tarea.