Prognosen har tendens til at være god for patienter med MG. Det er ofte bedst ikke at behandle milde tilfælde af MG. Behandlingen kræver, at man undgår medicin, der kan forværre den neuromuskulære transmission, såsom aminoglykosidantibiotika, quinolonantibiotika, betablokkere, kloroquin, antiarytmika, calciumkanalblokkere, nogle antikonvulsiva og intravenøs jodholdig kontrast bør undgås.
MG er karakteristisk variabel i forløbet, hvor hyppigheden af diplopi og ptose påvirkes af miljømæssige, følelsesmæssige og fysiske faktorer som f.eks. stærkt sollys, stress, virussygdom, menstruation, graviditet osv. Spontan remission kan forekomme hos enhver patient og forblive i årevis. I en undersøgelse af den naturlige historie af generaliseret MG blandt 168 patienter (med en gennemsnitlig opfølgning på 12 år) oplevede 14 % fuldstændig remission.
Patienter med mild til moderat okulær myasteni behandles normalt i første omgang med orale antikolinesterasemidler, hvor Mestinon (pyridostigmin) er det mest almindeligt anvendte. Der er ikke foretaget nogen randomiserede kliniske forsøg med disse midler, og denne behandling er ofte mislykket, især med hensyn til at løse diplopien. Derefter påbegyndes immunosuppressiv behandling, og det foretrukne middel er normalt prednison. I en lille kontrolleret undersøgelse viste dette lægemiddel større effektivitet end pyridostigmin. Steroidbehandling er kontroversiel, men i en anden undersøgelse tyder resultaterne på, at prednison mindsker progressionen til generaliseret MG. Der findes ikke noget enkelt anbefalet doseringsregime i lyset af de bivirkninger, der almindeligvis er forbundet med kronisk kortikosteroidbehandling, og vanskelighederne ved at vænne patienterne fra steroider uden forværring af symptomerne. Responsen på prednisonbehandling er variabel.
Dertil kommer, at MG-patienter bør undersøges for thymomer, og hvis de findes, bør de gennemgå en operation for at afhjælpe denne tilstand. En profylaktisk thymectomi er kontroversiel, men har vist sig at være nyttig hos unge MG-patienter med akut sygdom inden for 3 år efter sygdomsdebut, hos patienter med forstørrede thymuskirtler, og for hvem kirurgi er lav risiko, og hos patienter med generaliseret MG, der ikke reagerer på medicinsk behandling.
Symptomerne på okulær MG kan også behandles med ikke-medicinske midler. Ptose kan korrigeres med anbringelse af krykker på brillerne og med ptose-tape for at hæve øjenlågsfaldet. Diplopi kan afhjælpes ved okklusion med øjenlåg, matteret linse, okkluderende kontaktlinser eller ved blot at placere uigennemsigtig tape over en del af brillerne. Der kan også sættes plastikprismas (Fresnel-prismas) på brillerne hos en diplopisk patient, hvilket giver mulighed for justering af synet fra begge øjne i den berørte retning, men er ofte problematisk, hvis graden af muskelsvaghed og dermed den okulære fejlstilling svinger ofte.