Tælling af levedygtige celler
Der er en række forskellige måder at opgøre antallet af bakterier i en prøve på. Ved at tælle levedygtige celler kan man identificere antallet af celler i en prøve, der vokser/deler sig aktivt. Pladetællingsmetoden eller spredt plade er baseret på, at bakterier vokser en koloni på et næringsmedium. Kolonien bliver synlig for det blotte øje, og antallet af kolonier på en plade kan tælles. For at være effektiv skal fortyndingen af den oprindelige prøve være sammensat på en sådan måde, at der i gennemsnit dyrkes mellem 30 og 300 kolonier af målbakterien. Færre end 30 kolonier gør fortolkningen statistisk usikker, og flere end 300 kolonier resulterer ofte i overlappende kolonier og upræcision i optællingen. For at sikre, at der dannes et passende antal kolonier, dyrkes der normalt flere fortyndinger. Laboratorieproceduren indebærer, at man laver serielle fortyndinger af prøven (1:10, 1:100, 1:1000 osv.) i sterilt vand og dyrker disse på næringsagar i en skål, der forsegles og inkuberes. Typiske medier omfatter pladetællingsagar til en generel optælling eller MacConkey-agar til optælling af gramnegative bakterier såsom E. coli. Typisk inkuberes et sæt plader ved 22 °C i 24 timer og et andet sæt ved 37 °C i 24 timer. Næringsstoffets sammensætning omfatter normalt reagenser, der modvirker væksten af ikke-målorganismer og gør det let at identificere målorganismen, ofte ved en farveændring i mediet. Nogle nyere metoder indeholder et fluorescerende middel, således at optælling af kolonierne kan automatiseres. Ved slutningen af inkubationsperioden tælles kolonierne med øjnene, en procedure, der tager få øjeblikke og ikke kræver et mikroskop, da kolonierne typisk er få millimeter på tværs.
Hældplademetoden anvendes, når analysen søger bakteriearter, der vokser dårligt i luft. Den indledende analyse foretages ved at blande serielle fortyndinger af prøven i flydende næringsagar, som derefter hældes i flasker. Flaskerne forsegles og lægges på siden, så der dannes en skrånende agaroverflade. Kolonier, der udvikler sig i mediumets bund, kan tælles med øjnene efter inkubationen. Det samlede antal kolonier betegnes som det samlede antal levedygtige kolonier (TVC). Måleenheden er cfu/ml (eller kolonidannende enheder pr. milliliter) og vedrører den oprindelige prøve. Beregningen af dette er et multiplum af det talte antal kolonier multipliceret med den anvendte fortynding. Eksempler på en tælling af levedygtige celler er spredte plader fra en seriel fortynding af en flydende kultur og hældeplader. Med en spredeplade foretager man serielle fortyndinger i flydende medier og spreder derefter en kendt mængde fra det sidste rør i fortyndingsserien. Kolonierne på pladen kan derefter tælles, og koncentrationen af bakterier i den oprindelige kultur kan beregnes. Ved hældeplademetoden blandes en fortyndet bakterieprøve med smeltet agar, hvorefter denne blanding hældes i en petriskål. Igen tælles kolonierne, og det levedygtige celletal beregnes.