Lungen udsættes for enorme mængder luft og potentielt smitsomme agenser, men alvorlige infektioner forekommer sjældent, hvilket vidner om luftvejene usædvanlige naturlige forsvar. De mest almindelige årsager til bakterielle lungeinfektioner hos normale værter omfatter Streptococcus pneumoniae, Haemophilus-arter, Staphylococcus aureus og Mycobacterium tuberculosis. Hos svækkede værter er de bakterielle årsager til lungebetændelse meget mere omfattende, herunder arter, der normalt ikke anses for at have høj virulens hos mennesker. Infektion med en af disse usædvanlige bakteriearter kræver faktisk, at man søger efter en immunsupprimerende tilstand. De normale forsvarsmekanismer i luftvejene omfatter uspecifikke fysiske faktorer (den “mucociliære trappe”) og medfødte faktorer, herunder defensiner, lysozym og fagocytiske celler (polymorphonukleære leukocytter, pulmonale alveolære makrofager og dendritiske celler). Det antibakterielle forsvar forstærkes af opsoniner, herunder de iboende opsoniner (surfactant- og komplementkomponenter) og inducerede immunglobuliner. Immunsupprimerende tilstande, hvor der hyppigt forekommer bakterielle lungeinfektioner, omfatter (men er ikke begrænset til) hypogammaglobulinæmi, kronisk granulomatøs sygdom og primær ciliær dyskinesi. Hver af disse tilstande illustrerer den afgørende rolle, som det handicappede element i det medfødte og adaptive immunsystem spiller for opretholdelsen af sterilitet i de nedre luftveje.