Det CD40LG-genet giver instruktioner til fremstilling af et protein kaldet CD40-ligand, som findes på overfladen af celler i immunsystemet, der er kendt som T-celler. CD40-ligand lægger sig som en nøgle i en lås til sit receptorprotein, CD40, som befinder sig på overfladen af immunsystemets celler, der er kendt som B-celler. B-celler er involveret i produktionen af proteiner kaldet antistoffer eller immunoglobuliner, som hjælper med at beskytte kroppen mod infektioner. Der findes flere klasser af antistoffer, og de har hver især en anden funktion i immunsystemet. B-celler er i stand til at modnes til de celler, der producerer immunglobulin M (IgM) uden signaler fra andre celler. For at B-celler kan modnes til de celler, der producerer antistoffer af en anden klasse, skal CD40-receptoren interagere med CD40-ligand. Når disse to proteiner forbindes, udløser de en række kemiske signaler, der instruerer B-cellen til at begynde at fremstille immunoglobulin G (IgG), immunoglobulin A (IgA) og immunoglobulin E (IgE).
CD40-ligand er også nødvendigt for, at T-celler kan interagere med andre celler i immunsystemet, og det spiller en central rolle i T-celledifferentiering (den proces, hvorved celler modnes modnes til at udføre specifikke funktioner).