ChIP-seq service
Chromatin immunoprecipitation (ChIP), en klassisk eksperimentel metode til undersøgelse af interaktionen mellem protein og DNA, anvendes i vid udstrækning inden for beslægtede områder som f.eks. histonmodifikation og genekspression reguleret af specifikke transkriptionsfaktorer. Med udviklingen og modningen af NGS-teknologien giver ChIP-sekventering (ChIP-seq), en integration af kromatinimmunoprecipitationsforsøg med sekventering med højt gennemløb, mulighed for effektiv og præcis screening af proteinbindingssteder i hele genomet. Desuden kan DNA-bindingssteder, der er forbundet med specialiserede proteiner, sammenlignes i forskellige celletyper og væv på grund af de levende celler, der har deres oprindelse i protein-DNA-komplekser.
Intro til ChIP-sequencing
ChIP-seq, ligesom RNA-seq, lyder mystisk og kompliceret, men det er det ikke. Her er en blid introduktion til emnet, der dækker det grundlæggende bag eksperimentet, hvordan dataene behandles, og hvilke ting du kan gøre med dem.
Stikprøvevejledning
| Service | Provetype | Minimumsmængde | Minimalkoncentration | Kvalitet |
|---|---|---|---|---|
| ChIP-seq | DNA | 10ng | 1 ng/µL | Fragmenteret til 100-300bp |
*Måling af koncentration med Qubit anbefales stærkt.
*Giv venligst Bioanalyzer-resultater for din prøve, hvis de er tilgængelige.
*Giv venligst det ChIP-afledte DNA i nucleasefrit vand. Hvis der påvises RNase ved kørsel af DNA-chip i vores Bioanalyzer 2100, vil omkostningerne til oprydning af forurening forårsaget af RNase blive opkrævet.
Service workflow
Analysis pipeline (general purpose)
