Pater Seelos blev præsteviet i 1844 og tjente i forskellige sogne på hele østkysten og i Midtvesten som medlem af Redemptoristsamfundet i USA. Ud over at være mentor for seminarister i flere år brugte han også en del af sin præstegerning på at rejse rundt i USA for at prædike sognemissioner. Han var en fremragende prædikant, og hans glade personlighed hjalp mange mennesker med at finde tilbage til skriftemålets sakramente. Fader Seelos tilbragte endeløse timer i skriftestolen, og tusindvis af mennesker oplevede Guds barmhjertighed der gennem hans mildhed. Fader Seelos understregede vigtigheden af daglig bøn og behovet for at prioritere bønnen endnu mere end normalt i tider, hvor vi har travlt, står over for svære fristelser eller føler os svage i troen.
Under sine rejser prædikede han i 1860’erne i sogne i Toledos stift, bl.a: Saint Patrick Historic Parish i Toledo, Saint Francis de Sales Parish i Toledo, Sacred Heart Parish i Shelby og Holy Trinity Parish i Bucyrus. I 1866 blev han præst i Saint Mary of the Assumption Parish i New Orleans, hvor han fokuserede sin tjeneste på de fattige. I den periode var der en gul feberepidemi i New Orleans. Fader Seelos blev smittet af den dødelige virus, mens han tjente de fattige. Han døde den 4. oktober 1867 i en alder af 48 år. Selv om han endnu ikke er kanoniseret som helgen, erklærede pave Johannes Paul II ham for “velsignet” i 2000.
I forbindelse med messen, hvor han erklærede fader Seelos for “velsignet”, sagde pave Johannes Paul II følgende:
I de forskellige steder, hvor han arbejdede, bragte fader Francis Xavier sin entusiasme, sin offervilje og sin apostolske iver med sig. Til de forladte og fortabte forkyndte han budskabet om Jesus Kristus, “kilden til evig frelse” (Hebr. 5,9), og i de timer, han tilbragte i skriftestolen, overbeviste han mange om at vende tilbage til Gud. I dag inviterer den salige Frans Xavier Seelos kirkens medlemmer til at uddybe deres forening med Kristus i bods- og eukaristiesakramenterne. Må alle, der arbejder i vingården for Guds folks frelse, gennem hans forbøn blive opmuntret og styrket i deres opgave.