Databaser over makromolekylstrukturer

• Primære databaser over empirisk bestemte 3D-modeller
• Relaterede (afledte) strukturelle databaser
• Strukturelle klassifikationsdatabaser
• Specialiserede strukturelle databaser
• De følgende databaser fokuserede på specifikke proteinfamilier eller andre biologiske makromolekyler og indeholder strukturelle oplysninger, der stammer fra wwPDB.
• Databaser over teoretisk bestemte 3D-modeller
• De følgende databaser indeholder 3D-modeller af proteiner beregnet ved sammenlignende modellering. Før du påbegynder dit eget sammenlignende modelleringsprojekt, kan du prøve disse databaser.

Primære databaser over empirisk bestemte 3D-modeller

åbne i nyt vindueBMRB	BioMagResBank. Et arkiv for data fra NMR-spektroskopi på biomolekyler. BMRB er en del af wwPDB. Koordinater og constraint-data frigives af PDB, mens andre NMR-spektraldata (såsom kemiske forskydninger, koblingskonstanter og relaxationsparametre) arkiveres af BMRB.
åbne i nyt vindueCSD	The Cambridge Structural Database. Kommercielt arkiv for krystalstrukturer af små organiske molekyler, herunder korte polypeptider og polysaccharider (WIS-licenseret CSD)
åbent i nyt vindueNDB	Et arkiv for strukturelle oplysninger om nukleinsyrer. Strukturerne er arkiveret både i wwPDB og i NDB.
åben i nyt vinduewwPDB	Den verdensomspændende Protein Data Bank (wwPDB) er det internationalt anerkendte fælles arkiv for alle offentliggjorte makromolekylære tredimensionelle strukturer, der er bestemt empirisk. PDB-arkivet kan tilgås via følgende portaler: Åbn i nyt vindueRCSB PDB (USA) MSD-EBI (Europa) Åbn i nyt vinduePDBj (Japan)
Alerts
	Åbn i nyt vinduePDBalert	Automatisk system, der advarer brugerne, så snart en PDB-struktur med homologi til et protein af interesse bliver tilgængelig
	soaPDB	Webværktøj til generering og organisering af gemte PDB-søgninger, herunder automatiske advarsler pr. e-mail
	Åbn i nyt vindueSeqAlert	Automatisk system, der advarer brugerne, så snart en PDB-struktur med homologi til et protein af interesse bliver tilgængelig

Relaterede (afledte) strukturelle databaser

Jena Library	Databasen har til formål at integrere oplysninger om strukturelle modeller i PDB med vægt på visualisering og analyse.
Åbn i nyt vindueMMDB	NCBI’s Entrez 3-D strukturdatabase. NCBI har krydsforbundet strukturdata med bibliografiske oplysninger, med sekvensdatabaser og med NCBI-taksonomien. Den omfatter værktøjer til visualisering af sekvenser og strukturer (Cn3D).
åben i nyt vindueOCA	OCA, en browser-database for proteinstruktur/funktion. OCA integrerer data fra flere open in new windows-kilder med vægt på oplysninger om sekvens-struktur-funktion.
åben i nyt vinduePDBsum	PDBsum er en billeddatabase, der giver et overblik over indholdet af hver enkelt 3D-struktur, der er deponeret i PDB. Den viser de(t) molekyle(r), der udgør strukturen (dvs. proteinkæder, DNA, ligander og metalioner) og skematiske diagrammer af deres interaktioner.
PDBWiki	Community annoteret vidensbase af biologiske molekylære strukturer og relaterede oplysninger.
Åbn i nyt vindueProteopedia	Collaborative wiki encyclopedia of proteins and other macromolecules structures. Proteopedia indeholder en side for hver post i wwPDB samt interaktive sider, der er lavet af brugerne, og som har til formål at præsentere struktur-/funktionsoplysninger på en brugervenlig måde for et bredt videnskabeligt publikum. Proteopedia anvender et letanvendeligt scene-authoring-værktøj.

Databaser over teoretisk bestemte 3D-modeller

De følgende databaser indeholder 3D-modeller af proteiner beregnet ved sammenlignende modellering. Før du påbegynder dit eget sammenlignende modelleringsprojekt, kan du prøve disse databaser.

Automatiske beregninger med ModPipe

Modeller strukturer fra forskellige ressourcer (CSMP, JCSG, MCSG, NESG, NYSGXRC, JCMM, ModBase, SWISS-MODEL Repository)

Automatiske beregninger med SWISS_MODEL