Dybt inde i Chihuahuan-ørkenen består området omkring El Capitan af barske bjerge og vindpustede saltsletter. Som følge heraf var det meste af den indianske tilstedeværelse i nærområdet centreret omkring 3 miles sydøst for El Capitan i det område, der i dag kaldes Pine Springs. Dette område er en oase af kilder, sive og vegetation og har beviser (mescaldepoter, petroglyffer, artefakter osv.) for menneskelig beboelse i flere århundreder. Senest har området været sæsonmæssigt hjemsted for grupper af Mescalero-apacherne, som, efter at de i det 18. århundrede blev presset sydpå af de voldsomt ekspansionistiske Comanche, brugte deres lokale viden om kilder og andre knappe ressourcer til at opretholde sig selv i et ellers barskt miljø langt ind i det 19. århundrede, hvor angloamerikansk ekspansion og bosættelse gjorde en ende på deres fint afbalancerede levevis.
Mens den lejlighedsvise spanske ekspedition, som f.eks. Antonio de Espejos ekspedition i 1582, kom tæt på området omkring El Capitan, stammer den permanente anglo-europæiske tilstedeværelse i området fra slutningen af 1840’erne, da regionen officielt blev en del af USA efter den amerikanske sejr i den mexicansk-amerikanske krig. En række ekspeditioner, der var ivrige efter at finde et passende spor fra San Antonio til El Paso og i sidste ende til de fjerntliggende amerikanske territorier på Stillehavskysten, trængte ind i de varme, tørre og farlige områder vest for Pecos i håb om at finde en potentiel vognrute med tilstrækkeligt med træ og vand til at gøre en konstant rejse mulig. En af ekspeditionerne, der blev ledet af indianeragenten Robert S. Neighbors, nåede frem til El Paso i 1849 gennem en vanskelig rejse, der krævede at krydse og krydse Pecos og Devil’s Rivers igen og igen og derefter overleve den lange, tørre strækning fra Davisbjergene til El Paso. Selskabet, der var skuffet over udsigten til at skulle vende tilbage ad samme rute, drog i stedet østpå fra El Paso mod Hueco Tanks og Guadalupe-passet, som de håbede at kunne følge til en etableret passage af Pecos-floden nær den moderne grænse mellem Texas og New Mexico, der længe har været brugt af mexicanere og indianere. Da det lykkedes Neighbors at nå Pecos-floden, steg han hurtigt ned ad floden og tog tilbage til San Antonio, hvor han rapporterede til sine overordnede, at denne rute bød på godt vand ved Hueco Tanks, godt tømmer i nærheden af bjergene og en nem vej gennem Guadalupe-passet til Pecos-floden. Denne vej, som blev kendt som den “øvre” vej for at adskille sig fra den oprindelige “nedre” vej gennem Fort Davis og op ad Rio Grande til El Paso, blev hurtigt populær blandt handelsfolk og emigranter, idet deres lange tog af vogne og muldyr passerede tæt på El Capitans grumsede ansigt. Denne trafik steg i 1858, da Butterfield Stagecoach begyndte at benytte den øvre vej mellem El Paso og vadestedet på Pecos, der blev kaldt Pope’s Crossing, efter John Pope, den officer i hæren, der havde undersøgt overgangen to år tidligere. Dampvognslinjen udnyttede det tilgængelige vand og tømmer og byggede en station ved Pinery, der senere blev kaldt Pine Springs, 3 miles sydøst for El Capitan. Selv om denne station kun varede et år, før ruten blev flyttet sydpå for at komme under beskyttelse af Fort Stockton og Davis, blev Pinery-stationen fortsat brugt af soldater, fragtmænd og emigranter længe efter.
I denne periode var El Capitan også vidne til El Paso Salt War, en voldsom kamp mellem mexicansk-amerikanske indbyggere og angloamerikanske forretningsmænd om adgangen til de saltsletter, der strækker sig vestpå fra bjergets fod. Apacherne har længe kendt til saltsletterne, men de blev først identificeret af europæerne i 1692 af Diego de Vargas’ ekspedition. Generationer af mexicanere og senere mexikansk-amerikanere, som hurtigt blev en vigtig lokal ressource, trodsede den varme, farlige, fire dage lange vej fra San Elizario ved Rio Grande til Hueco-bjergene og derefter østpå mod El Capitan for at fylde deres vogne med det dyrebare salt. Alt dette ændrede sig i slutningen af 1840’erne, da regionen begyndte at få en større angloamerikansk tilstedeværelse. Mens mexicansk lov og tradition havde betragtet saltsletterne som fælles ejendom, betragtede amerikansk tradition dem som uopkrævet jord, som enhver borger kunne gøre krav på og købe som privat ejendom. I 1870’erne blev lokale forretningsmænds forsøg på at gøre krav på saltsletterne mødt med voldelig modstand fra de lokale beboere, for hvem det gratis salt var et vigtigt supplement til den regionale økonomi med landbrug og kvægavl. Konflikten kulminerede i december 1877, da Charles Howard, som havde forsøgt at gøre krav på saltsletterne, og to kolleger blev myrdet af en vred pøbel. Dette førte hurtigt til udbredt vold mod lokale mexicansk-amerikanske familier, hvilket fik mange til at flygte syd for Rio Grande. Da støvet havde lagt sig, var saltsletterne blevet taget i besiddelse, og de lokale beboere blev tvunget til at betale for det salt, der i århundreder havde været gratis.
I de første årtier af det 20. århundrede var der blevet anlagt en all-weather road mellem El Paso og Carlsbad, New Mexico. Vejen blev taget i brug i 1928 som U.S. Highway 62 og bragte en ny generation af besøgende til området, især efter åbningen af den nærliggende Carlsbad Caverns National Park i 1930. Allerede årtier før oprettelsen af Guadalupe Mountains National Park gjorde rejsende i bil og bus holdt ved rastepladserne langs vejen for at beundre El Capitans stejle sider, tage billeder og skrive hurtige beskeder på bagsiden af postkort med bjergets imponerende ansigt på. i denne periode var jorden, der omfattede El Capitan, ejet af James Adolphus Williams, hvis Williams Ranch-hus stadig eksisterer på parkens jord vest for bjerget. Efter flere økonomiske tilbageslag solgte Williams jorden i 1941 til dommer J.C. Hunter fra Van Horn, Texas, en velhavende oliemand og tidlig naturforkæmper, hvis Guadalupe Mountains Ranch i sidste ende omfattede 75.000 acres jord i Guadalupes, herunder dele af McKittrick Canyon. Hunter var en tidlig fortaler for at oprette en park for at beskytte de sydlige Guadalupes og førte kampagne i flere år indtil sin død i 1945. Da han arvede sin fars ønske om at se området beskyttet, både på grund af dets naturskønhed og geologiske betydning, arbejdede J.C. Hunter Jr. sammen med embedsmænd fra National Park Service for at indgå en aftale, der ville gøre det muligt for Park Service at købe jorden til brug som nationalpark. Hunter-donationen, som omfattede El Capitan og Guadalupe Peak, blev endelig overdraget til Park Service i 1969, efter at have været tvunget til at løbe en snørklet proces med lovgivere på stats- og forbundsniveau, parktjenestemænd og vejingeniører samt ejere af ejendomme og lokale ranchere. Tre år senere blev Guadalupe Mountains National Park officielt åbnet og gav offentligheden adgang til området.