Fiksering er den proces, hvorved en allel bliver en fast allel i en population. Der er mange måder, hvorpå en allel kan blive fikseret, men oftest sker det ved, at flere processer arbejder sammen. De to vigtigste drivkræfter bag fiksering er naturlig selektion og genetisk drift. Naturlig selektion blev postuleret af Darwin og omfatter mange processer, der fører til differentieret overlevelse af organismer på grund af genetiske eller fænotypiske forskelle. Genetisk drift er den proces, hvorved allelfrekvenser svinger inden for populationer. Naturlig selektion og genetisk drift driver udviklingen fremad, og gennem evolutionen kan alleler blive fikseret.
Den naturlige selektionsproces såsom seksuel, konvergent, divergent eller stabiliserende selektion baner vejen for allelfiksering. En måde, hvorpå nogle af disse naturlige udvælgelsesprocesser forårsager fiksering, er ved, at en bestemt genotype eller fænotype favoriseres, hvilket fører til konvergens af variabiliteten, indtil en allel bliver fikseret. Naturlig selektion kan virke den anden vej, hvor to alleler bliver fikseret ved at to specifikke genotyper eller fænotyper favoriseres, hvilket fører til divergens inden for populationen, indtil populationerne bliver så adskilt, at de nu er to arter med hver deres egen fikserede allel.
Selektivt pres kan favorisere bestemte genotyper eller fænotyper. Et almindeligt kendt eksempel herpå er processen med antibiotikaresistens inden for bakteriepopulationer. Når antibiotika anvendes til at dræbe bakterier, kan et lille antal af dem med gunstige mutationer overleve og genbefolke sig i et miljø, der nu er fri for konkurrence. Allelen for antibiotikaresistens bliver derefter en fast allel i de overlevende og fremtidige populationer. Dette er et eksempel på flaskehalseffekten. En flaskehals opstår, når en population udsættes for et stærkt selektivt pres, og kun visse individer overlever. Disse overlevende individer har et mindre antal alleler i deres population end i den oprindelige population, men disse resterende alleler er de eneste alleler, der er tilbage i fremtidige populationer, hvis man antager, at der ikke sker mutationer eller migration. Denne flaskehalseffekt kan også ses ved naturkatastrofer, som vist i kanineksemplet ovenfor.
I lighed med flaskehalseffekten kan stiftereffekten også forårsage allelfiksering. Stiftereffekten opstår, når en lille grundlæggerpopulation flyttes et nyt område og formerer den fremtidige population. Dette kan ses i Alces alces elgpopulationen i Newfoundland, Canada. Elge er ikke hjemmehørende på Newfoundland, og i 1878 og 1904 blev der indført i alt seks elge på øen i 1878 og 1904. De seks oprindelige elge har opformeret den nuværende bestand på anslået 4000-6000 elge. Dette har haft dramatiske virkninger på afkommet af de stiftende elge og har ført til et stort fald i den genetiske variabilitet i Newfoundlands elgbestand sammenlignet med bestanden på fastlandet.
Andre tilfældige processer som f.eks. genetisk drift kan føre til fiksering. Gennem disse tilfældige processer fjernes nogle tilfældige individer eller alleler fra populationen. Disse tilfældige udsving inden for allelfrekvenserne kan føre til fiksering eller tab af visse alleler i en population. Til højre er et billede, der viser grundigt på hinanden følgende generationer; allelfrekvenserne svinger tilfældigt i en population. Jo mindre populationens størrelse er, jo hurtigere vil der ske fiksering eller tab af alleler. Alle populationer er imidlertid drevet til allelfiksering, og det er uundgåeligt; det tager bare forskelligt lang tid for dette at ske på grund af populationsstørrelsen.
Nogle andre årsager til allelfiksering er indavl, da dette mindsker den genetiske variabilitet i populationen og derfor mindsker den effektive populationsstørrelse. Dette gør det muligt for genetisk drift at forårsage fiksering hurtigere end forventet.
Isolation kan også forårsage fiksering, da det forhindrer tilstrømning af nye variable alleler til populationen. Dette kan ofte ses på ø-populationer, hvor populationerne har et begrænset sæt af alleler. Den eneste variabilitet, der kan tilføjes til disse populationer, er gennem mutationer.