Søer, floder og bjerge er naturlige grænser uden specifikke markeringer i terrænet.
Søer og floder
I søer og floder går grænsen normalt gennem midten af vandmasserne. Genevesøen udgør grænsen til Frankrig, Rhinen til Tyskland og Inn-floden til Østrig. Undtagelser fra denne regel er Doubs-floden i kantonen Jura, hvor grænsen defineres af den schweiziske flodbred, og Morge-floden i St-Gingolph, hvor den øverste kant af den schweiziske flodbred definerer grænsen.
Disse undtagelser har historiske rødder og afspejler de deltagende staters magtforhold på det tidspunkt, hvor grænserne blev fastlagt. Grænsedefinitionerne der er stadig fastlagt i internationale traktater i dag.
Bodensee er et særtilfælde, da de tre kyststater Schweiz, Tyskland og Østrig aldrig har defineret en juridisk grænse. Kun en teknisk grænse er blevet defineret mellem de tre stater. Søen betragtes som et kondominium under suverænitet af de tre lande, der grænser op til den. Alle spørgsmål vedrørende dens grænse er behandlet ved skriftlige aftaler mellem disse lande.