GO Terms Classifications Counter

CateGOrizer, tidligere kendt som “GO Terms Classifications Counter”, er et forbedret og gratis webværktøj, der gør det muligt for brugere at analysere GO-termdatasæt i batch med hensyn til de GO-klasser, de repræsenterer. En nyttig egenskab ved Gene Ontology (GO) er, at den hjælper med at beskrive de grundlæggende termhierarkier og relationer mellem termer inden for biologisk sammenhæng. Det er normalt en vanskelig opgave at finde frem til et klart billede af, hvordan et sæt GO-termer er repræsenteret af GO’s genkategorier. Dette webværktøj forenkler processen med databaseræsonnement ved at gruppere og kategorisere GO-klasser i forhold til en given klassifikationsmetode som f.eks. GO-Slim, idet der drages fordel af forudberegnede termerelationer baseret på den transitive lukning af GO-databasen. Værktøjet består af et sæt perl-CGI-programmer kombineret med et MySQL DBMS, som lagrer GO-termernes DAG-data.

	INDLEDNING: Batchanalyse af GO-annotationer for genfunktionsgrupper er en nyttig del af analysen af mikroarray- eller EST-data med højt gennemløb.Med dette værktøj kan brugerne finde frem til forekomsten af deres GO-termer inden for hvert af de foruddefinerede sæt af GO-termer af forældrene/forfædrene. Programmet tager input af GO-termer (f.eks. GO:0007067) i et listeformat eller en uformateret almindelig tekstfil, udfører trinvis klassificering i forhold til en af de tilgængelige GO-klassifikationsmetoder såsom GO_slim, GOA, EGAD, MGI_GO_slim, GO-ROOT osv. efter brugerens valg, eller i forhold til en af dine egne klassifikationsmetoder og returnerer derefter resultaterne på internettet (hvis det tager for lang tid, sender det en e-mail til brugeren med et link til resultaterne). Resultaterne omfatter en tabel med en oversigt over alle endelige optællinger og procenter samt et cirkeldiagram.
	USAGER: Brug af værktøjet er lige så let som at følge disse tre trin: Stræk 3: Tæl forekomster af GO-termer i hver stamklasse En videovejledning (japansk)
	Spørgsmål og svar: For korrekt brug af dette værktøj og relaterede spørgsmål, se denne liste over Ofte stillede spørgsmål (FAQ). Hvis du har spørgsmål, der ikke er dækket af denne FAQ, så tøv ikke med at lade os vide det.Alle tilbagemeldinger om problemer og forslag til forbedring af værktøjet er velkomne.
	PUBLIKATIONER: Zhi-Liang Hu, Jie Bao og James M. Reecy (2008) “CateGOrizer: A Web-Based Program to Batch Analyze Gene Ontology Classification Categories”. Online Journal of Bioinformatics. 9 (2):108-112. Google citater: 244 inden 2020 Zhi-Liang Hu, Jie Bao og James M. Reecy (2007). “A Gene Ontology (GO) Terms Classifications Counter”. Plant & Animal Genome XV Conference, San Diego, CA, January 13-17, 2007.