Hot Tuna startede som en akustisk spinoff af Jefferson Airplane og blev med tiden de stiftende medlemmer Jack Casady og Jorma Kaukonens fuldtidsfokus og blev et populært turnerende band i 1970’erne. De to var venner for livet, da de voksede op sammen i Washington, D.C., og spillede i gruppen Triumphs. Efter high school flyttede guitaristen Kaukonen og hans forældre, der arbejdede for regeringen, til Filippinerne, men han vendte tilbage til USA i tide til psykedeliens fremkomst, landede i San Francisco og var med til at stifte The Airplane i 1965. Bassisten Casady sluttede sig til kort tid efter, og sammen var de med til at føre gruppen til massiv succes i slutningen af 60’erne.
Hot Tuna – oprindeligt kaldet Hot Sh*t, til stor ærgrelse for deres pladeselskab RCA – begyndte først at tage form i 1969, mens både Casady og Kaukonen stadig var aktive medlemmer af Jefferson Airplane; faktisk var deres første optrædener indlagt mellem Airplane-koncerterne. Som en trio suppleret af harmonikaspilleren Will Scarlet (og lejlighedsvis med Airplane-medlemmerne Marty Balin og Spencer Dryden) debuterede Hot Tuna i 1970 med en lavmælt selvbetitlet LP med traditionel blues og ragtime optaget live i New Orleans House i Berkeley; på det følgende års mere rockinspirerede First Pull Up, Then Pull Down var violinisten Papa John Crech, der samtidig var fuldtidsansat i Airplane, og trommeslageren Sammy Piazza med i deres liste. Minus Scarlet, et tredje album, Burgers, udkom i 1972.
Ved udgivelsen af The Phosphorescent Rat i 1974 havde både Casady og Kaukonen officielt forladt Jefferson Airplane; på dette tidspunkt var Creach, der valgte at blive i Airplane, ikke længere med i gruppen. Med America’s Choice fra 1975 var Piazza også væk og erstattet af trommeslager Bob Steeler; Yellow Fever udkom samme år, og Hoppkorv fulgte i 1976. Keyboardisten Nick Buck skrev under på Double Dose fra 1978, men Hot Tuna annoncerede efterfølgende deres opløsning og afsluttede den første fase af deres karriere med Final Vinyl fra 1979.
I kølvandet på gruppens nedlæggelse udgav Kaukonen en solo-LP, Jorma, og sluttede sig senere til new wave-enheden Vital Parts; Casady stod også i spidsen for sin egen new wave-gruppe, SVT. I 1984 vendte de begge tilbage til deres rødder: Casady sluttede sig til sine Airplane-kammerater Balin og Paul Kantner i KBC Band, mens Kaukonen vendte tilbage til den akustiske folk- og bluesmusik fra sine formative år. Endelig spillede Casady og Kaukonen en håndfuld klubdates under navnet Hot Tuna og genforenede sig på et mere konkret grundlag i 1986; i 1990 omfattede deres rækker sanger/multiinstrumentalist Michael Falzarano, en veteran fra mange af de tidlige genforeningsshows.
Samme år udgav Hot Tuna Pair a Dice Found, deres første samling af nyt studiemateriale i over et årti; en række liveudgivelser fulgte, herunder 1992’s Live at Sweetwater, 1997’s Splashdown Two og 1999’s And Furthurmore…. I de følgende år fortsatte Hot Tuna med at spille flere liveshows om året i forskellige sammensætninger. En single-disc best-of fra RCA-årene, Keep on Truckin’, blev udgivet i 2006. Gruppens første studiealbum i 20 år, Steady as She Goes, der blev indspillet i Levon Helm’s studie i Woodstock, New York, og produceret af Larry Campbell, blev udgivet på Red House Records i 2011.