Johann van Beethoven var søn af Maria Josepha Ball (gift 1733) og Lodewijk eller Ludwig van Beethoven (1712-1773); ikke at forveksle med Johanns berømte søn af samme navn), som sandsynligvis var født i eller i nærheden af byen Mechelen i de habsburgske Nederlande (nu i Flandern, Belgien) og havde været musiker i flere kommuner i og omkring Mechelen, inden han i 1733 etablerede sig i Bonn, hvor han var musiker ved hoffet hos kurfyrst Clemens August af Bayern, der var ærkebiskop af Köln, og som i 1761 blev kapelmester. Johann van Beethoven viste også musikalsk talent og blev ansat ved hoffet, primært som sanger, i 1764. Ud over at synge (hans spændvidde, der normalt beskrives som en tenor, kan have strakt sig til alt og endda højere registre) spillede han violin og cither og spillede og underviste i datidens klaverinstrumenter, herunder cembalo og clavichord.
Han mødte sin kommende hustru, Maria Magdalena Keverich (1746-1787), på en rejse til Ehrenbreitstein. Hun var datter af chefkokken for Johann IX Philipp von Walderdorff, ærkebiskop-købmand af Trier, hvis hof befandt sig der, og hun havde familieforbindelser i hoforkestret i Bonn. Keverich var allerede som 19-årig blevet enke. Hun og Johann blev gift den 12. november 1767 i den katolske kirke Sankt Remigius i Bonn. De fik syv børn, hvoraf tre levede op til voksenalderen:
- Ludwig Maria van Beethoven (2. april 1769 – 6. april 1769)
- Ludwig van Beethoven (16. december 1770 i Bonn, Kurköln – 26. marts 1827)
- Kaspar Anton Karl van Beethoven (8. april 1774 – 15. november 1815)
- Nikolaus Johann van Beethoven (2. oktober 1776 – 12. januar 1848)
- Anna Maria Franziska van Beethoven (23. februar 1779 – 27. februar 1779)
- Franz Georg van Beethoven (17. januar 1781 – 16. august 1783)
- Maria Margarete Josepha van Beethoven (5. maj 1786 – 26. november 1787)
Johann indså Ludwigs talent og blev hans første lærer. Han var dog en voldelig far ifølge en række vidner. “Der var få dage, hvor han ikke blev slået for at tvinge ham til at sætte sig til klaveret”, fortalte en af Ludwigs barndomsvenner. En hofrådsmedlem rapporterede, at Johann lejlighedsvis låste Ludwig inde i en kælder. Hver gang Ludwig spillede dårligt, udbrød Johann, at det var en skændsel for familien. Johann var alkoholiker, en situation, der blev forværret, da Maria døde i 1787, hvorefter familien i stigende grad blev afhængig af den unge Ludwig for at få støtte. I 1789 opnåede den 18-årige Ludwig en kendelse, der resulterede i, at halvdelen af Johanns løn skulle overdrages til ham til støtte for familien.
Johann døde i 1792, ikke længe efter at Ludwig var flyttet til Wien for at studere hos Joseph Haydn. Hans arbejdsgiver, kurfyrsten, skrev sardonisk til en ven: “Indtægterne fra spiritusafgifterne har lidt et tab ved Beethovens død.”