Og selv om de ofte ignoreres, nedbrydes kerneprøver altid i en vis grad under processen med at skære kernen, håndtere den og studere den. Ikke-destruktive teknikker er stadig mere almindelige, f.eks. brugen af MRI-scanning til at karakterisere korn, porevæsker, porerum (porøsitet) og deres interaktioner (som udgør en del af permeabiliteten), men sådanne dyre finesser er sandsynligvis spildt på en kerne, der er blevet rystet på en uaffjedret lastbil i 300 km grusvej. Hvad der sker med borekerner mellem udtagningsudstyret og det endelige laboratorium (eller arkiv) er en ofte forsømt del af journalføring og kerneforvaltning.
Borekerner er efterhånden blevet anerkendt som en vigtig datakilde, og der lægges mere vægt og omhu på at forebygge skader på kernen i de forskellige faser af dens transport og analyse. Den sædvanlige måde at gøre dette på er at fryse kernen helt ned ved hjælp af flydende nitrogen, som er billigt at skaffe. I nogle tilfælde anvendes der også specielle polymerer til at konservere og placere/polstre kernen mod skader.
På samme måde har en kerneprøve, som ikke kan relateres til sin kontekst (hvor den var, før den blev en kerneprøve), mistet meget af sin fordel. Identifikationen af borehullet og kerneens position og orientering (“way up”) i borehullet er afgørende, selv om borehullet er i en træstamme – dendrokronologer forsøger altid at inkludere en barkoverflade i deres prøver, så datoen for træets seneste vækst kan bestemmes entydigt.
Hvis disse data bliver adskilt fra kerneprøverne, er det generelt umuligt at genvinde disse data. Omkostningerne ved en kerneudtagning kan variere fra nogle få valutaenheder (for en håndfanget kerne fra et blødt jordsnit) til titusindvis af millioner af valutaenheder (for sidevægskerner fra et fjerntliggende offshore borehul i mange kilometers dybde). Utilstrækkelig registrering af sådanne grundlæggende data har ødelagt nytten af begge typer kerner.
De forskellige discipliner har forskellige lokale konventioner for registrering af disse data, og brugeren bør gøre sig bekendt med konventionerne i sit område. I olieindustrien registreres kernens orientering f.eks. typisk ved at markere kernen med to langsgående farvestriber, med den røde til højre, når kernen hentes op og markeres ved overfladen. Kerner, der udtages til mineraludvinding, kan have deres egne, anderledes konventioner. Civilingeniør- eller jordbundsundersøgelser kan have deres egne, anderledes konventioner, da deres materialer ofte ikke er kompetente nok til at lave permanente mærker på.
Det bliver mere og mere almindeligt at opbevare kerneprøver i cylindrisk emballage, som udgør en del af kerneudskæringsudstyret, og at lave mærkerne på disse “indre tønder” i marken før yderligere behandling og analyse i laboratoriet. Nogle gange sendes kernen fra marken til laboratoriet i lige så lang en længde, som den kommer op af jorden; andre gange skæres den i standardlængder (5 m eller 1 m eller 3 ft) til forsendelse, hvorefter den samles igen i laboratoriet. Nogle af systemerne med “indre tønde” kan vendes om på kerneprøven, således at prøven i laboratoriet går “forkert opad”, når kernen samles igen. Dette kan komplicere fortolkningen.
Hvis der i borehullet er foretaget petrofysiske målinger af vægbjergarterne, og disse målinger gentages langs kernens længde, hvorefter de to datasæt korreleres, vil man næsten altid finde, at dybden “of record” for et bestemt stykke kerne varierer mellem de to målemetoder. Hvilket sæt målinger man skal tro på, bliver så et spørgsmål om politik for kunden (i en industriel sammenhæng) eller et meget kontroversielt spørgsmål (i en sammenhæng uden en overordnet myndighed). Ved at registrere, at der er uoverensstemmelser, uanset årsagen, bevarer man muligheden for at korrigere en forkert beslutning på et senere tidspunkt; hvis man destruerer de “forkerte” dybdedata, bliver det umuligt at rette en fejl senere. Ethvert system til opbevaring og arkivering af data og kerneprøver skal være udformet således, at uenighed som denne kan bevares.
Hvis kerneprøver fra en kampagne er kompetente, er det almindelig praksis at “skære dem op” – skære prøven i to eller flere prøver i længderetningen – ret tidligt i laboratoriebehandlingen, således at et sæt prøver kan arkiveres tidligt i analyseforløbet som en beskyttelse mod fejl i behandlingen. Det er almindeligt at “skære” kernen op i et 2/3- og et 1/3-sæt. Det er også almindeligt, at det ene sæt beholdes af hovedkunden, mens det andet sæt går til regeringen (som ofte stiller en betingelse om en sådan donation som en betingelse for at få tilladelse til efterforskning/udnyttelse). “Slabbing” har også den fordel, at det giver en flad, glat overflade til undersøgelse og testning af profilpermeabilitet, som er meget lettere at arbejde med end den typisk ru, buede overflade på kerneprøver, når de er lige kommet ud af kerneudtagningsudstyret. Fotografering af rå og “slabbed” kerneoverflader er rutine, ofte under både naturligt og ultraviolet lys.
En længdeenhed, der lejlighedsvis anvendes i litteraturen om havbundskerner, er cmbsf, en forkortelse for centimeter under havbunden.