Den anden gruppe, tilapiaen, omfatter kun seks arter i to slægter i Malawisøen: Den rødbrystede tilapia (Coptodon rendalli), en udbredt afrikansk art, er den eneste cichlide, der gyder på substratet i søen. Denne store cichlide lever hovedsagelig af makrofytter. De resterende er fem mundrugende arter af Oreochromis; fire chambo i underslægten Nyasalapia (O. karongae, O. lidole, O. saka og O. squamipinnis), som er endemiske for Malawisøsystemet, samt den nært beslægtede O. shiranus, som også findes i Chilwa-søen. Malawis Oreochromis lever hovedsagelig af fytoplankton, bliver op til 26-42 cm lange, afhængigt af den nøjagtige art, og er for det meste sorte eller sølvgrå med relativt utydelige mørke striber. Chambo-hanner har unikke genitalkvaster, når de yngler, som hjælper med at befrugte æggene på en måde, der kan sammenlignes med ægpletterne på haplochrominernes analfinne.
Ikke-cichliderRediger
Kampango (Bagrus meridionalis), en af de største havkattefisk, der kan blive op til 1,5 m lang
Den store majoritet af fiskearterne i søen er cichlider. Blandt de indfødte fisk, der ikke er cichlider, er flere arter af cyprinider (i slægterne Barbus, Labeo og Opsaridium samt Malawisøens sardin Engraulicypris sardella), luftåndende havkat (Bathyclarias og Clarias samt kampango Bagrus meridionalis), mochokidkatfisk (Chiloglanis og Malawis pibekatfisk Synodontis njassae), Mastacembelus pigge ål, mormyrider (Marcusenius, Mormyrops og Petrocephalus), den afrikanske tetra Brycinus imberi, poeciliid Aplocheilichthys johnstoni, den plettede killifisk (Nothobranchius orthonotus) og den brogede ål (Anguilla nebulosa).
På slægtsniveau er de fleste af disse vidt udbredt i Afrika, men Bathyclarias er helt begrænset til søen.
Hvirvelløse dyrRediger
BløddyrRediger
Malawisøen er hjemsted for 28 arter af ferskvandssnegle (herunder 16 endemiske) og 9 toskallede arter (2 endemiske, Aspatharia subreniformis og unioniden Nyassunio nyassaensis). De endemiske ferskvandssnegle tilhører alle slægterne Bellamya, Bulinus, Gabbiella, Lanistes og Melanoides.
Malawisøen er hjemsted for i alt fire sneglearter i slægten Bulinus, som er en kendt mellemvært for bilharziose. En undersøgelse i Monkey Bay i 1964 fandt to endemiske arter af snegle af slægten (B. nyassanus og B. succinoides) i søen og to ikke-endemiske arter (B. globosus og B. forskalli) i laguner, der er adskilt fra søen. Sidstnævnte arter er kendte mellemværter for bilharziose, og der blev påvist larver af parasitten i vand, der indeholdt disse arter, men i forsøg lykkedes det ikke C. Wright fra British Museum of Natural History at inficere de to arter, der er endemiske i søen, med parasitterne. Feltarbejderne, som tilbragte mange timer på og i søen, fandt hverken B. globosus eller B. forskalli i selve søen. På det seneste er sygdommen blevet et problem i selve søen, da den endemiske B. nyassanus er blevet en mellemvært. Denne ændring, der først blev bemærket i midten af 1980’erne, hænger muligvis sammen med en nedgang i antallet af snegleædende cichlider (f.eks. Trematocranus placodon) på grund af overfiskning og/eller en ny stamme af bilharzioseparasitten.
KrebsdyrRediger
I modsætning til Tanganyikasøen med dens mange endemiske ferskvandskrabber og -rejer er der kun få sådanne arter i Malawisøen. Den blå Malawikrabbe, Potamonautes lirrangensis (syn. P. orbitospinus), er den eneste krabbe i søen, og den er ikke endemisk. Den atyide reje Caridina malawensis er endemisk for søen, men den er dårligt kendt og er historisk set blevet forvekslet med C. nilotica, som ikke findes i søen. De pelagiske zooplanktonarter omfatter to cladoceraner (Diaphanosoma excisum og Bosmina longirostris), tre copepoder (Tropodiaptomus cunningtoni, Thermocyclops neglectus og Mesocyclops aequatorialis) og flere ostracoder (herunder både beskrevne og ubeskrevne arter).
SøfluerRediger
Kæmpe sværme af søfluer (Chaoborus edulis), der ligner fjerne røgfaner over vandet
Malawisøen er berømt for de store sværme af små, harmløse søfluer, Chaoborus edulis. Disse sværme, der typisk optræder langt ude over vandet, kan forveksles med røgfaner, og de blev også bemærket af David Livingstone, da han besøgte søen. De vandlevende larver lever af zooplankton og tilbringer dagen på bunden og natten i de øvre vandlag. Når de forpupper sig, flyder de op til overfladen og forvandler sig til voksne fluer. De voksne er meget kortlivede, og sværmene, som kan blive flere hundrede meter høje og ofte har en spiralform, er en del af deres parringsadfærd. De lægger deres æg ved vandoverfladen, og de voksne dør. Larverne er en vigtig fødekilde for fisk, og de voksne fluer er vigtige både for fugle og for lokalbefolkningen, som samler dem for at lave kungu-kager/burgere, en lokal delikatesse med et meget højt proteinindhold.