Die Lunge ist enormen Luftmengen und potenziell infektiösen Erregern ausgesetzt, doch treten schwerwiegende Infektionen nur selten auf, ein Beweis für die außergewöhnlichen natürlichen Abwehrkräfte der Atemwege. Zu den häufigsten Ursachen für bakterielle Lungeninfektionen bei gesunden Wirten gehören Streptococcus pneumoniae, Haemophilus-Arten, Staphylococcus aureus und Mycobacterium tuberculosis. Bei geschwächten Wirten sind die bakteriellen Ursachen für Lungenentzündungen viel breiter gefächert und umfassen auch Arten, die beim Menschen normalerweise nicht als hoch virulent gelten. Eine Infektion mit einer dieser ungewöhnlichen Bakterienarten erfordert die Suche nach einem immungeschwächten Zustand. Zu den normalen Abwehrmechanismen der Atemwege gehören unspezifische physikalische Faktoren (die „mukoziliäre Rolltreppe“) und angeborene Faktoren wie Defensine, Lysozym und phagozytische Zellen (polymorphnukleare Leukozyten, pulmonal-alveoläre Makrophagen und dendritische Zellen). Die antibakterielle Abwehr wird durch Opsonine, einschließlich intrinsisch vorhandener Opsonine (Surfactant und Komplementkomponenten) und induzierter Immunglobuline, verstärkt. Zu den immungeschwächten Zuständen, bei denen bakterielle Lungeninfektionen häufig auftreten, gehören unter anderem Hypogammaglobulinämie, chronische granulomatöse Erkrankungen und primäre ziliäre Dyskinesie. Jeder dieser Zustände veranschaulicht die wesentliche Rolle des behinderten Elements des angeborenen und adaptiven Immunsystems bei der Aufrechterhaltung der Sterilität der unteren Atemwege.