Eine der wirksamsten Methoden zur Bekämpfung der Cladosporium-Ährenfäule besteht darin, ihr Vorhandensein so früh wie möglich festzustellen und die Umgebung, in der der Mais angebaut und gelagert wird, zu kontrollieren. Die Untersuchung von Feldern auf Ährenfäule, die alle zwei Wochen durchgeführt werden sollte, und die Prüfung auf Mykotoxinkontamination ist der erste Schritt, um festzustellen, ob Ährenfäule im Allgemeinen vorhanden ist oder nicht, obwohl kein Mykotoxin speziell mit C. herbarum in Verbindung gebracht wird. Problemfelder lassen sich dadurch charakterisieren, dass mehr als 10 % der Ähren auf 10-20 % des Korns den Pilz enthalten. Befallene Kolben sollten so bald wie möglich geerntet, zur Entfernung von Pilzpartikeln gereinigt, sofort auf 15 % Feuchtigkeit oder weniger getrocknet werden, um das Pilzwachstum zu stoppen, und in einer belüfteten Umgebung bei 13-14 % Feuchtigkeit zwischen 35 und 40 °F gelagert werden, um die ungeschlechtliche Vermehrung und Verbreitung des Pilzes zu stoppen. Diese kulturellen Kontrollen können die Ertragseinbußen erheblich verringern.
C. herbarum benötigt eine Öffnung, um seinen Wirt zu infizieren, so dass kulturelle Kontrollen, die verhindern, dass die Kerne verwundet werden, die Infektion neuer Pflanzen verhindern würden. Insektizide können rechtzeitig eingesetzt werden, um den Maisohrwurm und den Maiszünsler chemisch zu bekämpfen, die die Körner beschädigen, so dass das Inokulum ins Innere gelangen kann. Außerdem sollten die Mähdrescher desinfiziert und richtig eingestellt werden, um Schäden an den Körnern während der Ernte zu minimieren.
Eine andere, weniger wirksame Möglichkeit, den Prozentsatz der infizierten Pflanzen zu kontrollieren, besteht darin, resistente Sorten zu pflanzen und die anfälligsten Sorten zu verwerfen. Es ist jedoch erwähnenswert, dass keine Hybride gegen alle ährenfaule Pilze resistent ist und dass resistente Sorten nicht weithin verfügbar sind, so dass eine Sorte zwar gegen Cladosporium-Ährenfäule resistent sein mag, aber dennoch dem Risiko einer Infektion durch einen anderen ährenfaule Pilz ausgesetzt sein kann. Eine größere Schalenbedeckung und stärkere Samenschalen erschweren auch die Infektion des Wirts. Die Fruchtfolge wäre wahrscheinlich eine wirksame Methode zur Bekämpfung des Erregers, doch müssten sich alle Maisanbauer in einem Bezirk daran halten, um eine nennenswerte Auswirkung auf die Inokulummenge zu erzielen. Würden sich nicht alle Maisanbauer an die Fruchtfolge halten, würden die Sporen von nahegelegenen Feldern einfach durch den Wind auf andere Felder getragen werden und dafür sorgen, dass die Inokulumkonzentration nicht auf ein vernünftiges Maß sinkt.