Tief in der Chihuahuan-Wüste gelegen, besteht das Gebiet um El Capitan aus schroffen Bergen und windgepeitschten Salzwiesen. Daher konzentrierte sich der größte Teil der indianischen Besiedlung in der Umgebung etwa 3 Meilen südöstlich von El Capitan in dem Gebiet, das heute Pine Springs heißt. Dieses Gebiet ist eine Oase mit Quellen, Quellen und Vegetation und weist Beweise (Mescal-Depots, Petroglyphen, Artefakte usw.) für die menschliche Besiedlung über mehrere Jahrhunderte auf. In jüngster Zeit war das Gebiet eine saisonale Heimat für Gruppen der Mescalero-Apachen, die im 18. Jahrhundert von den stark expandierenden Comanchen immer weiter nach Süden gedrängt wurden und ihre Kenntnisse über Quellen und andere knappe Ressourcen nutzten, um sich in einer ansonsten rauen Umgebung bis weit ins 19. Jahrhundert hinein zu behaupten, als die Expansion der Engländer und die Besiedlung ihre fein austarierte Lebensweise beendeten.
Während gelegentliche spanische Expeditionen, wie die von Antonio de Espejo im Jahr 1582, in die Nähe der Gegend um El Capitan kamen, geht die dauerhafte anglo-europäische Präsenz in diesem Gebiet auf die späten 1840er Jahre zurück, als die Region nach dem amerikanischen Sieg im Mexikanisch-Amerikanischen Krieg offiziell Teil der Vereinigten Staaten wurde. In dem Bestreben, einen geeigneten Weg von San Antonio nach El Paso und schließlich in die weit entfernten amerikanischen Gebiete an der Pazifikküste zu finden, drangen mehrere Expeditionen in das heiße, trockene und gefährliche Land westlich des Pecos vor, in der Hoffnung, eine potenzielle Wagenroute mit genügend Holz und Wasser zu finden, um eine kontinuierliche Reise zu ermöglichen. Eine dieser Expeditionen unter der Leitung des Indianeragenten Robert S. Neighbors erreichte 1849 El Paso nach einer schwierigen Reise, bei der es galt, den Pecos und den Devil’s River zu überqueren und wieder zu überqueren und die lange, trockene Strecke von den Davis Mountains nach El Paso zu überstehen. Enttäuscht von der Aussicht, auf demselben Weg zurückkehren zu müssen, brach die Gruppe stattdessen östlich von El Paso in Richtung der Hueco Tanks und des Guadalupe-Passes auf, dem sie zu folgen hofften, um den Pecos River in der Nähe der heutigen Grenze zwischen Texas und New Mexico zu überqueren, die seit langem von Mexikanern und amerikanischen Ureinwohnern genutzt wurde. Neighbors erreichte den Pecos, stieg schnell den Fluss hinunter und machte sich auf den Rückweg nach San Antonio, wo er seinen Vorgesetzten berichtete, dass diese Route gutes Wasser bei den Hueco Tanks, gutes Holz in der Nähe der Berge und einen einfachen Weg über den Guadalupe Pass zum Pecos bot. Diese Straße, die als „obere“ Straße bekannt wurde, um sich von der ursprünglichen „unteren“ Straße durch Fort Davis und den Rio Grande hinauf nach El Paso zu unterscheiden, wurde bald von Händlern und Auswanderern genutzt, deren lange Wagen- und Maultierzüge an der brütenden Wand des El Capitan vorbeizogen. Dieser Verkehr nahm 1858 zu, als die Butterfield Stagecoach begann, die obere Straße zwischen El Paso und der Furt am Pecos zu benutzen, die nach John Pope, dem Armeeoffizier, der den Übergang zwei Jahre zuvor vermessen hatte, Pope’s Crossing genannt wurde. Die Postkutschenlinie nutzte die vorhandenen Wasser- und Holzvorkommen und errichtete eine Station in der Pinery, später Pine Springs genannt, 3 Meilen südöstlich von El Capitan. Obwohl diese Station nur ein Jahr bestand, bevor die Strecke nach Süden verlegt wurde, um unter den Schutz der Forts Stockton und Davis zu gelangen, wurde die Pinery-Station noch lange Zeit von Soldaten, Frachtern und Auswanderern genutzt.
In dieser Zeit war El Capitan auch Schauplatz des Salzkriegs von El Paso, eines gewaltsamen Kampfes zwischen mexikanisch-amerikanischen Einwohnern und englischen Geschäftsleuten um den Zugang zu den Salinen, die sich westlich vom Fuß des Berges erstrecken. Die Apachen kannten die Salinen schon lange, doch die Europäer entdeckten sie erstmals 1692 durch die Expedition von Diego de Vargas. Schnell wurden sie zu einer wichtigen lokalen Ressource, und Generationen von Mexikanern und später auch von Mexikanern-Amerikanern nahmen den heißen, gefährlichen, viertägigen Weg von San Elizario am Rio Grande zu den Hueco Mountains und dann nach Osten in Richtung El Capitan auf sich, um ihre Wagen mit dem kostbaren Salz zu füllen. Das alles änderte sich in den späten 1840er Jahren, als in der Region eine größere englische Präsenz entstand. Während die mexikanischen Gesetze und Traditionen die Salinen als Gemeinschaftseigentum betrachteten, galten sie nach amerikanischer Tradition als nicht beanspruchtes Land, das von jedem Bürger beansprucht und als Privateigentum erworben werden konnte. In den 1870er Jahren stießen die Versuche lokaler Geschäftsleute, die Salinen für sich zu beanspruchen, auf den heftigen Widerstand der Anwohner, für die das kostenlose Salz eine wichtige Ergänzung der regionalen Landwirtschaft und Viehzucht darstellte. Der Konflikt spitzte sich im Dezember 1877 zu, als Charles Howard, der versucht hatte, die Salinen für sich zu beanspruchen, und zwei Kollegen von einem wütenden Mob ermordet wurden. Dies führte schnell zu weit verbreiteter Gewalt gegen lokale mexikanisch-amerikanische Familien, was viele dazu veranlasste, südlich des Rio Grande zu fliehen. Als sich der Staub gelegt hatte, waren die Salinen in Besitz genommen worden, und die Anwohner mussten für das Salz bezahlen, das jahrhundertelang kostenlos gewesen war.
In den ersten Jahrzehnten des 20. Jahrhunderts wurde eine Allwetterstraße zwischen El Paso und Carlsbad, New Mexico, gebaut. Die 1928 als U.S. Highway 62 in Betrieb genommene Straße brachte eine neue Generation von Besuchern in die Gegend, insbesondere nach der Eröffnung des nahe gelegenen Carlsbad Caverns National Park im Jahr 1930. Schon Jahrzehnte vor der Gründung des Guadalupe Mountains National Park hielten Auto- und Busreisende an Raststätten an der Straße an, um die steilen Wände des El Capitan zu bestaunen, Fotos zu machen und kurze Nachrichten auf die Rückseiten von Postkarten zu schreiben, auf denen das imposante Gesicht des Berges prangte.1 Zu dieser Zeit gehörte das Land, zu dem der El Capitan gehörte, James Adolphus Williams, dessen Haus der Williams Ranch noch heute auf dem Parkgelände westlich des Berges steht. Nach mehreren wirtschaftlichen Rückschlägen verkaufte Williams das Land 1941 an Richter J.C. Hunter aus Van Horn, Texas, einen wohlhabenden Ölmann und frühen Naturschützer, dessen Guadalupe Mountains Ranch schließlich 75.000 Acres Land in den Guadalupes umfasste, darunter auch Teile des McKittrick Canyon. Als früher Befürworter der Einrichtung eines Parks zum Schutz der südlichen Guadalupes setzte sich Hunter mehrere Jahre lang bis zu seinem Tod im Jahr 1945 dafür ein. Er erbte den Wunsch seines Vaters, das Gebiet sowohl wegen seiner landschaftlichen Schönheit als auch wegen seiner geologischen Bedeutung zu schützen, und sein Sohn J.C. Hunter Jr. arbeitete mit Beamten des National Park Service zusammen, um einen Vertrag auszuhandeln, der es dem Park Service ermöglichen würde, das Land für die Nutzung als Nationalpark zu erwerben. Nach einem langwierigen Spießrutenlauf zwischen Gesetzgebern auf Bundes- und Landesebene, Parkbeamten und Straßenbauingenieuren sowie Grundstückseigentümern und örtlichen Viehzüchtern wurde die Hunter-Spende, zu der auch El Capitan und Guadalupe Peak gehörten, schließlich 1969 an den Park Service übertragen. Drei Jahre später wurde der Guadalupe Mountains National Park offiziell eröffnet und das Gebiet der Öffentlichkeit zugänglich gemacht.