GO Terms Classifications Counter

CateGOrizer, früher bekannt als „GO Terms Classifications Counter“, ist ein verbessertes, kostenloses Webtool, mit dem Benutzer GO-Term-Datensätze im Hinblick auf die von ihnen repräsentierten GO-Klassen analysieren können. Eine nützliche Eigenschaft der Gene Ontology (GO) ist, dass sie hilft, die grundlegenden Begriffshierarchien und Beziehungen zwischen Begriffen im Kontext der Biologie zu beschreiben. Es ist in der Regel eine schwierige Aufgabe, ein klares Bild davon zu bekommen, wie eine Reihe von GO-Begriffen durch GO-Genkategorien repräsentiert wird. Dieses Webtool vereinfacht den Prozess des Datenbank-Reasonings, indem es GO-Klassen anhand einer gegebenen Klassifizierungsmethode wie GO-Slim gruppiert und kategorisiert und dabei die vorberechneten Begriffsbeziehungen auf der Grundlage der transitiven Schließung der GO-Datenbank nutzt. Dieses Tool besteht aus einer Reihe von Perl-CGI-Programmen, die mit einem MySQL-DBMS gekoppelt sind, das die GO-Terms-DAG-Daten speichert.

	EINFÜHRUNG: Die Stapelanalyse von GO-Annotationen für Genfunktionsgruppen ist ein nützlicher Teil der Analyse von Microarray- oder EST-Daten mit hohem Durchsatz.Dieses Dienstprogramm dient den Benutzern dazu, das Vorkommen ihrer GO-Begriffe innerhalb jedes der vordefinierten Sätze von Eltern-/Ahnen-GO-Begriffen herauszufinden. Das Programm übernimmt die Eingabe von GO-Begriffen (z. B. GO:0007067) in einem Listenformat oder einer unformatierten Textdatei, führt eine schrittweise Klassifizierung gegen eine der verfügbaren GO-Slim-Methoden wie GO_slim, GOA, EGAD, MGI_GO_slim, GO-ROOT usw. nach Wahl des Benutzers oder gegen eine Ihrer eigenen Klassifizierungsmethoden durch und gibt dann die Ergebnisse im Internet aus (wenn es zu lange dauert, wird dem Benutzer eine E-Mail mit dem Link zu den Ergebnissen geschickt). Die Ergebnisse enthalten eine Tabelle mit allen endgültigen Zahlen und Prozentsätzen sowie ein Tortendiagramm.
	USAGES: Die Verwendung des Tools ist so einfach wie die folgenden drei Schritte: Schritt 3: Zählen Sie das Vorkommen von GO-Begriffen in jeder Vorfahrenklasse Ein Video-Tutorial (Japanisch)
	FRAGEN UND ANTWORTEN: Zur ordnungsgemäßen Verwendung dieses Tools und zu damit zusammenhängenden Fragen siehe diese Liste der häufig gestellten Fragen (FAQ). Wenn Sie eine Frage haben, die hier nicht behandelt wird, zögern Sie bitte nicht, uns dies mitzuteilen, und wir freuen uns über alle Rückmeldungen zu Problemen und Verbesserungsvorschlägen für das Tool.
	VERÖFFENTLICHUNGEN: Zhi-Liang Hu, Jie Bao und James M. Reecy (2008) „CateGOrizer: A Web-Based Program to Batch Analyze Gene Ontology Classification Categories“. Online Zeitschrift für Bioinformatik. 9 (2):108-112. Google citations: 244 by 2020 Zhi-Liang Hu, Jie Bao and James M. Reecy (2007). „A Gene Ontology (GO) Terms Classifications Counter“. Plant & Animal Genome XV Conference, San Diego, CA, January 13-17, 2007.