Was als akustischer Ableger der Jefferson Airplane begann, wurde schließlich zur Vollzeitbeschäftigung der Gründungsmitglieder Jack Casady und Jorma Kaukonen und entwickelte sich zu einer beliebten Tourneegruppe in den 1970er Jahren. Die beiden waren lebenslang befreundet, wuchsen zusammen in Washington, D.C., auf und spielten in der Gruppe The Triumphs. Nach der High School zog der Gitarrist Kaukonen mit seinen Eltern, die im Staatsdienst standen, auf die Philippinen, kehrte aber rechtzeitig zum Aufkommen der Psychedelia in die USA zurück, wo er 1965 in San Francisco landete und die Band Airplane mitgründete. Der Bassist Casady stieß kurz darauf dazu, und gemeinsam verhalfen sie der Gruppe in den späten 60er Jahren zu großem Erfolg.
Hot Tuna – ursprünglich Hot Sh*t genannt, sehr zum Leidwesen ihrer Plattenfirma RCA – begann 1969 Gestalt anzunehmen, als sowohl Casady als auch Kaukonen noch aktive Mitglieder der Jefferson Airplane waren; tatsächlich fanden ihre ersten Auftritte zwischen den regulären Airplane-Gigs statt. Als Trio, das durch den Mundharmonikaspieler Will Scarlet vervollständigt wurde (und dem gelegentlich auch die Airplane-Mitglieder Marty Balin und Spencer Dryden angehörten), debütierten Hot Tuna 1970 mit einer unauffälligen, selbstbetitelten LP mit traditionellem Blues und Ragtime, die live im New Orleans House in Berkeley aufgenommen wurde; bei der rockigeren First Pull Up, Then Pull Down im darauffolgenden Jahr gehörten auch der Geiger Papa John Creach, der gleichzeitig ein Vollzeitmitglied der Airplane war, und der Schlagzeuger Sammy Piazza zur Besetzung. Minus Scarlet, ein drittes Album, Burgers, erschien im Jahr 1972.
Als 1974 The Phosphorescent Rat erschien, hatten sowohl Casady als auch Kaukonen Jefferson Airplane offiziell verlassen; zu diesem Zeitpunkt war Creach, der sich entschieden hatte, bei Airplane zu bleiben, nicht mehr in der Gruppe. Mit dem 1975 erschienenen Album America’s Choice wurde auch Piazza durch den Schlagzeuger Bob Steeler ersetzt; im selben Jahr erschien Yellow Fever, und 1976 folgte Hoppkorv. Der Keyboarder Nick Buck kam für das 1978er Album Double Dose hinzu, aber Hot Tuna gaben danach ihre Auflösung bekannt und beendeten die erste Phase ihrer Karriere mit dem 1979er Album Final Vinyl.
Nach dem Ende der Gruppe veröffentlichte Kaukonen eine Solo-LP, Jorma, und schloss sich später der New-Wave-Gruppe Vital Parts an; Casady leitete ebenfalls eine eigene New-Wave-Gruppe, SVT. Im Jahr 1984 kehrten beide zu ihren Wurzeln zurück: Casady schloss sich mit seinen Airplane-Kollegen Balin und Paul Kantner in der KBC Band zusammen, während Kaukonen sich wieder dem akustischen Folk und Blues seiner Anfangsjahre zuwandte. Schließlich spielten Casady und Kaukonen eine Handvoll Clubtermine unter der Ägide von Hot Tuna und formierten sich 1986 auf einer konkreteren Basis neu; 1990 gehörte Sänger/Multiinstrumentalist Michael Falzarano, ein Veteran vieler früher Reunion-Shows, zu ihren Reihen.
In diesem Jahr veröffentlichten Hot Tuna Pair a Dice Found, ihre erste Sammlung neuen Studiomaterials seit über einem Jahrzehnt; eine Reihe von Live-Veröffentlichungen folgte, darunter 1992 Live at Sweetwater, 1997 Splashdown Two und 1999 And Furthurmore….. In den darauffolgenden Jahren spielten Hot Tuna weiterhin mehrere Live-Shows pro Jahr in verschiedenen Konfigurationen. Eine Best-of-Single aus den RCA-Jahren, Keep on Truckin‘, wurde 2006 veröffentlicht. Das erste Studioalbum der Gruppe seit 20 Jahren, Steady as She Goes, aufgenommen in Levon Helms Studio in Woodstock, New York, und produziert von Larry Campbell, wurde 2011 bei Red House Records veröffentlicht.