Johann van Beethoven war der Sohn von Maria Josepha Ball (verheiratet 1733) und Lodewijk oder Ludwig van Beethoven (1712-1773; nicht zu verwechseln mit Johanns berühmtem Sohn gleichen Namens), der wahrscheinlich in oder in der Nähe der Stadt Mechelen in den habsburgischen Niederlanden (heute in Flandern, Belgien) geboren wurde und als Musiker in mehreren Gemeinden in und um Mechelen tätig war, bevor er sich 1733 in Bonn niederließ, wo er als Musiker am Hof des Kölner Kurfürst-Erzbischofs Clemens August von Bayern diente und 1761 zum Kapellmeister aufstieg. Auch Johann van Beethoven zeigte musikalisches Talent und kam 1764 an den Hof, vor allem als Sänger. Er sang nicht nur (sein Stimmumfang wird gewöhnlich als der eines Tenors beschrieben, könnte aber auch in die Altlage und sogar in höhere Lagen hineinreichen), sondern spielte auch Geige und Zither und unterrichtete Tasteninstrumente der damaligen Zeit, darunter das Cembalo und das Clavichord.
Auf einer Reise nach Ehrenbreitstein lernte er seine spätere Frau, Maria Magdalena Keverich (1746-1787), kennen. Sie war die Tochter des Küchenchefs von Johann IX. Philipp von Walderdorff, Kurfürstlicher Erzbischof von Trier, dessen Hof sich dort befand, und sie hatte familiäre Verbindungen in die Bonner Hofkapelle. Keverich war bereits im Alter von neunzehn Jahren verwitwet. Sie und Johann wurden am 12. November 1767 in der katholischen Kirche St. Remigius in Bonn getraut. Sie hatten sieben Kinder, von denen drei das Erwachsenenalter erreichten:
- Ludwig Maria van Beethoven (2. April 1769 – 6. April 1769)
- Ludwig van Beethoven (16. Dezember 1770 in Bonn, Kurköln – 26. März 1827)
- Kaspar Anton Karl van Beethoven (8 April 1774 – 15 November 1815)
- Nikolaus Johann van Beethoven (2 Oktober 1776 – 12 Januar 1848)
- Anna Maria Franziska van Beethoven (23 Februar 1779 – 27. Februar 1779)
- Franz Georg van Beethoven (17. Januar 1781 – 16. August 1783)
- Maria Margarete Josepha van Beethoven (5. Mai 1786 – 26. November 1787)
Johann erkannte Ludwigs Talent und wurde sein erster Lehrer. Er war jedoch ein misshandelnder Vater, wie mehrere Zeugen berichten. „Es gab nur wenige Tage, an denen er nicht geschlagen wurde, um ihn zu zwingen, sich ans Klavier zu setzen“, berichtete ein Jugendfreund Ludwigs. Ein Hofrat berichtete, dass Johann Ludwig gelegentlich in einen Keller einsperrte. Wenn Ludwig schlecht spielte, rief Johann, dass dies eine Schande für die Familie sei. Johann war Alkoholiker, was sich nach Marias Tod 1787 noch verschlimmerte, so dass die Familie zunehmend auf die Unterstützung des jungen Ludwig angewiesen war. 1789 erwirkte der 18-jährige Ludwig eine Verfügung, wonach ihm die Hälfte von Johanns Lohn für den Unterhalt der Familie überlassen wurde.
Johann starb 1792, nicht lange nachdem Ludwig nach Wien gezogen war, um bei Joseph Haydn zu studieren. Sein Dienstherr, der Kurfürst, schrieb sardonisch an einen Freund: „Die Einnahmen aus der Branntweinsteuer haben durch den Tod Beethovens einen Verlust erlitten.“