Obwohl oft vernachlässigt, werden Kernproben beim Schneiden des Kerns, bei der Handhabung und bei der Untersuchung immer bis zu einem gewissen Grad beschädigt. Zunehmend werden zerstörungsfreie Techniken eingesetzt, z. B. MRT-Scans zur Charakterisierung von Körnern, Porenflüssigkeiten, Porenräumen (Porosität) und ihren Wechselwirkungen (die einen Teil der Permeabilität ausmachen), aber solche teuren Feinheiten sind bei einem Kern, der auf einem ungefederten Lastwagen 300 km über eine unbefestigte Straße geschüttelt wurde, wahrscheinlich verschwendet. Was mit den Kernen auf dem Weg von der Gewinnungsanlage zum Labor (oder Archiv) geschieht, ist ein oft vernachlässigter Teil der Aufzeichnungen und des Kernmanagements.
Bohrungen werden inzwischen als wichtige Datenquelle anerkannt, und es wird immer mehr darauf geachtet, dass die Kerne während der verschiedenen Phasen des Transports und der Analyse nicht beschädigt werden. Üblicherweise wird der Kern mit flüssigem Stickstoff, der billig zu beschaffen ist, vollständig eingefroren. In einigen Fällen werden auch spezielle Polymere verwendet, um den Kern zu konservieren und ihn vor Beschädigungen zu schützen.
Ebenso hat eine Kernprobe, die nicht mit ihrem Kontext in Verbindung gebracht werden kann (wo sie sich befand, bevor sie zur Kernprobe wurde), viel von ihrem Nutzen verloren. Die Identifizierung des Bohrlochs und die Position und Ausrichtung („Weg nach oben“) des Kerns im Bohrloch ist entscheidend, selbst wenn sich das Bohrloch in einem Baumstamm befindet – Dendrochronologen versuchen immer, eine Rindenoberfläche in ihre Proben einzuschließen, damit das Datum des jüngsten Wachstums des Baumes eindeutig bestimmt werden kann.
Wenn diese Daten von den Kernproben getrennt werden, ist es im Allgemeinen unmöglich, diese Daten wieder zu gewinnen. Die Kosten für eine Kernbohrung können von einigen Währungseinheiten (für einen von Hand entnommenen Kern aus einem weichen Bodenabschnitt) bis zu Dutzenden von Millionen Währungseinheiten (für Seitenwandkerne aus einem abgelegenen, viele Kilometer tiefen Bohrloch) reichen. Die unzureichende Aufzeichnung dieser grundlegenden Daten hat den Nutzen beider Arten von Bohrkernen zunichte gemacht.
In den verschiedenen Disziplinen gibt es unterschiedliche lokale Konventionen für die Aufzeichnung dieser Daten, und der Benutzer sollte sich mit den Konventionen seines Gebiets vertraut machen. In der Erdölindustrie beispielsweise wird die Ausrichtung des Kerns in der Regel durch die Markierung des Kerns mit zwei längs verlaufenden Farbstreifen festgehalten, wobei der rote Streifen rechts liegt, wenn der Kern an der Oberfläche entnommen und markiert wird. Für Bohrkerne, die für den Mineralienabbau entnommen werden, gelten möglicherweise eigene, unterschiedliche Konventionen. Tiefbau- oder Bodenuntersuchungen können ihre eigenen, anderen Konventionen haben, da ihre Materialien oft nicht kompetent genug sind, um dauerhafte Markierungen anzubringen.
Es wird immer üblicher, Kernproben in zylindrischen Verpackungen aufzubewahren, die Teil der Kernschneideausrüstung sind, und die Markierungen der Aufzeichnungen auf diesen „inneren Fässern“ im Feld vor der weiteren Verarbeitung und Analyse im Labor anzubringen. Manchmal werden die Kerne in der Länge, in der sie aus dem Boden kommen, vom Feld zum Labor transportiert; manchmal werden sie für den Transport in Standardlängen (5 m oder 1 m oder 3 ft) geschnitten und dann im Labor wieder zusammengesetzt. Einige der „Inner Barrel“-Systeme sind in der Lage, die Kernprobe umzudrehen, so dass die Probe im Labor beim Zusammensetzen des Kerns „falsch herum“ liegt. Dies kann die Interpretation erschweren.
Wenn im Bohrloch petrophysikalische Messungen an den Gesteinswänden vorgenommen und diese Messungen entlang der Länge des Kerns wiederholt werden und die beiden Datensätze dann miteinander korreliert werden, wird man fast immer feststellen, dass die Tiefe, in der ein bestimmtes Stück Kern „aufgezeichnet“ wurde, sich zwischen den beiden Messmethoden unterscheidet. Welchen Messungen man dann Glauben schenkt, wird zu einer Frage der Politik für den Kunden (in einem industriellen Umfeld) oder zu einer großen Kontroverse (in einem Kontext ohne übergeordnete Autorität). Die Aufzeichnung von Diskrepanzen, aus welchem Grund auch immer, bewahrt die Möglichkeit, eine falsche Entscheidung zu einem späteren Zeitpunkt zu korrigieren; die Vernichtung der „falschen“ Tiefendaten macht es unmöglich, einen Fehler später zu korrigieren. Jedes System zur Aufbewahrung und Archivierung von Daten und Kernproben muss so konzipiert sein, dass abweichende Meinungen wie diese aufbewahrt werden können.
Wenn Kernproben aus einer Kampagne kompetent sind, ist es gängige Praxis, sie zu „slabben“ – die Probe in zwei oder mehr Proben in Längsrichtung zu schneiden – recht früh in der Laborverarbeitung, so dass ein Probensatz früh in der Analysesequenz als Schutz gegen Fehler in der Verarbeitung archiviert werden kann. „Es ist üblich, den Kern in einen 2/3- und einen 1/3-Satz aufzuteilen. Es ist auch üblich, dass ein Satz vom Hauptabnehmer einbehalten wird, während der zweite Satz an die Regierung geht (die oft eine Bedingung für eine solche Spende als Voraussetzung für eine Explorations-/Ausbeutungslizenz stellt). Das „Slabbing“ hat auch den Vorteil, dass eine flache, glatte Oberfläche für die Untersuchung und Prüfung der Profildurchlässigkeit vorbereitet wird, die sehr viel einfacher zu bearbeiten ist als die typischerweise raue, gewölbte Oberfläche der Kernproben, wenn sie frisch aus dem Entnahmegerät kommen. Das Fotografieren von rohen und „plattgedrückten“ Kernoberflächen ist Routine, oft sowohl unter natürlichem als auch unter ultraviolettem Licht.
Eine in der Literatur über Meeresbodenkerne gelegentlich verwendete Längeneinheit ist cmbsf, eine Abkürzung für Zentimeter unter dem Meeresboden.