Makromolekül-Strukturdatenbanken

• Primärdatenbanken empirisch ermittelter 3-D-Modelle
• Verwandte (abgeleitete) Strukturdatenbanken
• Strukturelle Klassifikationsdatenbanken
• Spezialisierte Strukturdatenbanken
• Die folgenden Datenbanken konzentrieren sich auf bestimmte Proteinfamilien oder andere biologische Makromoleküle und enthalten Strukturinformationen aus der wwPDB.
• Datenbanken mit theoretisch ermittelten 3-D-Modellen
• Die folgenden Datenbanken enthalten 3-D-Modelle von Proteinen, die durch vergleichende Modellierung berechnet wurden. Bevor Sie Ihr eigenes vergleichendes Modellierungsprojekt starten, sollten Sie diese Datenbanken ausprobieren.

Primärdatenbanken empirisch ermittelter 3-D-Modelle

in neuem Fenster öffnenBMRB	BioMagResBank. Ein Repository für Daten aus der NMR-Spektroskopie an Biomolekülen. Die BMRB ist Teil der wwPDB. Die Koordinaten und Zwangsdaten werden von der PDB veröffentlicht, während andere NMR-Spektraldaten (wie chemische Verschiebungen, Kopplungskonstanten und Relaxationsparameter) von der BMRB archiviert werden.
in neuem Fenster öffnenCSD	The Cambridge Structural Database. Kommerzielles Repository für Kristallstrukturen kleiner organischer Moleküle, einschließlich kurzer Polypeptide und Polysaccharide (WIS lizenziert CSD)
in neuem Fenster öffnenNDB	Ein Repository für Strukturinformationen über Nukleinsäuren. Die Strukturen werden sowohl in der wwPDB als auch in der NDB archiviert.
in neuem Fenster öffnenwwPDB	Die weltweite Protein Data Bank (wwPDB) ist die international anerkannte zentrale Datenbank für alle veröffentlichten dreidimensionalen Strukturen von Makromolekülen, die empirisch bestimmt wurden. Das PDB-Archiv ist über die folgenden Portale zugänglich: in neuem Fenster öffnenRCSB PDB (USA) MSD-EBI (Europa) in neuem Fenster öffnenPDBj (Japan)
Alerts
	in neuem Fenster öffnenPDBalert	Automatisches System, das den Benutzer benachrichtigt, sobald eine PDB-Struktur mit Homologie zu einem Protein von Interesse verfügbar wird
	soaPDB	Webtool zur Erstellung und Organisation gespeicherter PDB-Suchen, einschließlich automatischer E-Mail-Benachrichtigungen
	in neuem Fenster öffnenSeqAlert	Automatisches System, das Benutzer benachrichtigt, sobald eine PDB-Struktur mit Homologie zu einem Protein von Interesse verfügbar wird

Verwandte (abgeleitete) Strukturdatenbanken

Jena Library	Die Datenbank zielt darauf ab, Informationen über Strukturmodelle in der PDB zu integrieren, wobei der Schwerpunkt auf Visualisierung und Analyse liegt.
in neuem Fenster öffnenMMDB	Die Entrez 3-D Strukturdatenbank des NCBI. Das NCBI hat die Strukturdaten mit bibliographischen Informationen, den Sequenzdatenbanken und der NCBI-Taxonomie vernetzt. Es enthält Tools zur Sequenz- und Strukturvisualisierung (Cn3D).
in neuem Fenster öffnenOCA	OCA, eine Browser-Datenbank für Proteinstruktur/Funktion. OCA integriert Daten aus verschiedenen open in new windowsQuellen mit einem Schwerpunkt auf Sequenz-Struktur-Funktions-Informationen.
in neuem Fenster öffnenPDBsum	Die PDBsum ist eine Bilddatenbank, die auf einen Blick einen Überblick über den Inhalt jeder in der PDB hinterlegten 3D-Struktur bietet. Sie zeigt die Moleküle, aus denen die Struktur besteht (z. B. Proteinketten, DNA, Liganden und Metallionen), sowie schematische Darstellungen ihrer Wechselwirkungen.
PDBWiki	Gemeinschaftlich kommentierte Wissensdatenbank für biologische Molekülstrukturen und zugehörige Informationen.
in neuem Fenster öffnenProteopedia	Collaborative Wiki-Enzyklopädie der Strukturen von Proteinen und anderen Makromolekülen. Proteopedia enthält eine Seite für jeden Eintrag in der wwPDB sowie von Benutzern erstellte interaktive Seiten, die darauf abzielen, Struktur-/Funktionsinformationen auf benutzerfreundliche Weise einem breiten wissenschaftlichen Publikum zu präsentieren. Proteopedia verwendet ein einfach zu bedienendes Werkzeug zur Erstellung von Szenen.

Datenbanken mit theoretisch ermittelten 3-D-Modellen

Die folgenden Datenbanken enthalten 3-D-Modelle von Proteinen, die durch vergleichende Modellierung berechnet wurden. Bevor Sie Ihr eigenes vergleichendes Modellierungsprojekt starten, sollten Sie diese Datenbanken ausprobieren.

Automatische Berechnungen mit ModPipe

Modellstrukturen aus verschiedenen Ressourcen (CSMP, JCSG, MCSG, NESG, NYSGXRC, JCMM, ModBase, SWISS-MODEL Repository)

Automatische Berechnungen mit SWISS_MODEL