Der Text von „Mother“ handelt von Lennons beiden Elternteilen, die ihn beide in seiner Kindheit verlassen haben. Sein Vater, Alf, verließ die Familie, als John noch ein Kleinkind war. Seine Mutter Julia lebte nicht mit ihrem Sohn zusammen, obwohl sie ein gutes Verhältnis zueinander hatten; sie wurde am 15. Juli 1958, als Lennon 17 Jahre alt war, bei einem Autounfall von einem Polizisten außerhalb des Dienstes namens Eric Clague angefahren und getötet. In einem seiner letzten Konzerte erklärte Lennon, dass der Song nicht nur von seinen Eltern handelt, sondern vielmehr „von 99% der Eltern, ob lebendig oder halb tot“.
„Mother“ eröffnet das Album und beginnt mit dem langsamen, viermaligen Läuten einer Totenglocke. Der Song endet damit, dass Lennon die Phrase „Mama don’t go, daddy come home“ wiederholt, jedes Mal mit zunehmender Intensität, bis er die Zeile schreit, während der Song ausklingt.
Lennon wurde zu dem Song inspiriert, nachdem er sich einer Primärtherapie bei Arthur Janov unterzogen hatte, zunächst in dessen Haus in Tittenhurst Park und dann im Primal Institute in Kalifornien, wo er vier Monate lang blieb. Lennon, der sich später über Janov lustig machte, beschrieb die Therapie anfangs als „etwas, das mir wichtiger war als die Beatles“.
Obwohl Lennon sagte, dass „Mother“ der Song war, der „in meinem Kopf hängen zu bleiben schien“, hatte er Zweifel an seiner kommerziellen Attraktivität und erwog stattdessen, „Love“ als Single herauszubringen. Im November 1982 wurde eine neu abgemischte Version von „Love“ als Single veröffentlicht, um die John Lennon Collection LP zu promoten.
Eine frühe Version von „Mother“, von Lennon auf einer E-Gitarre gespielt, ist auf der John Lennon Anthology Box zu hören.
Eine Demoversion des Songs war in der Schlussszene und im Abspann des biografischen John Lennon-Films „Nowhere Boy“ von 2009 zu hören.