Die Prognose für Patienten mit MG ist in der Regel gut. Es ist oft am besten, leichte Fälle von MG nicht zu behandeln. Die Behandlung erfordert die Vermeidung von Medikamenten, die die neuromuskuläre Übertragung verschlechtern können, wie Aminoglykosid-Antibiotika, Chinolon-Antibiotika, Betablocker, Chloroquin, Antiarrhythmika, Kalziumkanalblocker, einige Antikonvulsiva und intravenöse jodhaltige Kontrastmittel sollten vermieden werden.
MG ist charakteristisch für einen variablen Verlauf, wobei die Häufigkeit von Diplopie und Ptosis durch umweltbedingte, emotionale und physische Faktoren wie helles Sonnenlicht, Stress, Viruserkrankungen, Menstruation, Schwangerschaft usw. beeinflusst wird. Spontanremissionen können bei jedem Patienten auftreten und über Jahre hinweg anhalten. In einer Studie über den natürlichen Verlauf der generalisierten MG bei 168 Patienten (mit einer durchschnittlichen Nachbeobachtungszeit von 12 Jahren) kam es bei 14 % zu einer vollständigen Remission.
Patienten mit leichter bis mittelschwerer okulärer Myasthenie werden in der Regel zunächst mit oralen Anticholinesterasemitteln behandelt, wobei Mestinon (Pyridostigmin) am häufigsten eingesetzt wird. Es wurden keine randomisierten klinischen Studien mit diesen Wirkstoffen durchgeführt, und diese Behandlung ist oft erfolglos, insbesondere bei der Behebung der Diplopie. Anschließend wird eine immunsuppressive Therapie eingeleitet, und das Mittel der Wahl ist normalerweise Prednison. In einer kleinen kontrollierten Studie zeigte dieses Medikament eine größere Wirksamkeit als Pyridostigmin. Die Steroidtherapie ist umstritten, aber die Ergebnisse einer anderen Studie legen nahe, dass Prednison das Fortschreiten der generalisierten MG verringert. Angesichts der Nebenwirkungen, die bei einer chronischen Kortikosteroidtherapie häufig auftreten, und der Schwierigkeit, Patienten von den Steroiden zu entwöhnen, ohne dass sich die Symptome verschlimmern, gibt es kein einheitliches empfohlenes Dosierungsschema. Das Ansprechen auf eine Prednison-Therapie ist unterschiedlich.
Zusätzlich sollten MG-Patienten auf Thymome untersucht werden, und wenn diese gefunden werden, sollte eine Operation durchgeführt werden, um diesen Zustand zu beheben. Eine prophylaktische Thymektomie ist umstritten, hat sich aber bei jungen MG-Patienten mit akuter Erkrankung innerhalb von 3 Jahren nach Krankheitsbeginn, bei Patienten mit vergrößerten Thymusdrüsen, bei denen eine Operation risikoarm ist, und bei Patienten mit generalisierter MG, die auf eine medikamentöse Behandlung nicht ansprechen, als hilfreich erwiesen.
Die Symptome der okulären MG können auch mit nicht-medikamentösen Mitteln behandelt werden. Die Ptosis kann durch das Anbringen von Krücken an den Brillengläsern und durch ein Ptosis-Band korrigiert werden, um das Herabhängen der Augenlider anzuheben. Diplopie kann durch Okklusion mit Augenpflastern, Milchglas, okkludierenden Kontaktlinsen oder durch einfaches Aufkleben von lichtundurchlässigem Klebeband auf einen Teil der Brille behandelt werden. Auch Kunststoffprismen (Fresnel-Prismen) können an den Brillengläsern eines diplopischen Patienten angebracht werden, um das Sehen mit beiden Augen in die betroffene Richtung auszurichten, sind aber oft problematisch, wenn der Grad der Muskelschwäche und damit die Fehlstellung der Augen häufig schwankt.