Präsidentschaft und Fehde mit Jackson
Als sich 1824 die zweite Amtszeit von Präsident Monroe dem Ende zuneigte, herrschte Unmut unter seinen offiziellen Beratern, von denen sich drei – Außenminister John Quincy Adams, Kriegsminister John C. Calhoun und Finanzminister William H. Crawford – um seine Nachfolge bewarben. Henry Clay, Sprecher des Repräsentantenhauses, und General Andrew Jackson waren ebenfalls Kandidaten. Calhoun wurde für die Vizepräsidentschaft nominiert. Von den anderen vier Kandidaten erhielt Jackson 99 Wahlmännerstimmen für die Präsidentschaft, Adams 84, Crawford 41 und Clay 37. Da niemand eine Mehrheit hatte, wurde die Entscheidung vom Repräsentantenhaus getroffen, das sich bei seiner Wahl auf die drei Kandidaten beschränkte, die die meisten Stimmen erhalten hatten. Clay, der seit Jahren eine ablehnende Haltung gegenüber Jackson eingenommen hatte, setzte seinen Einfluss für Adams ein, der damit bereits im ersten Wahlgang gewählt wurde. Einige Tage später bot Adams Clay das Amt des Staatssekretärs an, das dieser annahm. Jacksons Anhänger warfen ihm ein „korruptes Geschäft“ vor und verwandelten Adams‘ Amtszeit in eine vierjährige Kampagne, um für ihren Mann das zu gewinnen, was ihrer Meinung nach ihm zustand, nämlich die Präsidentschaft.
Bis zu diesem Zeitpunkt war Adams‘ Karriere fast durchweg erfolgreich gewesen, aber seine Präsidentschaft (1825-29), während der das Land prosperierte, war in den meisten Aspekten ein politischer Misserfolg, weil die Jacksonianer heftigen Widerstand leisteten. Adams arbeitete hart, stand zwischen vier und sechs Uhr morgens auf und ging oft noch vor dem Frühstück in der Stadt spazieren oder schwamm im Potomac River. Einmal wäre er beinahe ertrunken, als sich die Ärmel seiner Bluse mit Wasser füllten und ihn bedrückten. Aber er wusste, dass er kein Mann des Volkes war. In seiner Antrittsrede hatte er zugegeben, dass er „weniger von Ihrem Vertrauen besessen war… als irgendeiner meiner Vorgänger“. Neben anderen zukunftsweisenden Vorschlägen befürwortete er die Gründung einer nationalen Universität und eines nationalen astronomischen Observatoriums; er wollte, dass die westlichen Territorien von der Bundesregierung treuhänderisch verwaltet und nur allmählich erschlossen wurden, und er schlug einen umfassenden Ausbau des Straßennetzes mit Bundeshilfe vor. Der Kongress stellte sich im Allgemeinen taub gegenüber seinen Initiativen.
Im Jahr 1828 wurde Jackson mit 178 Wahlmännerstimmen gegenüber Adams‘ 83 Stimmen zum Präsidenten gewählt. Während Jacksons Amtszeit entwickelten sich unüberbrückbare Differenzen zwischen seinen Anhängern und denen von Adams, wobei letztere als Nationale Republikaner bekannt wurden, die zusammen mit den Antifreimaurern die Vorläufer der Whigs waren. Adams‘ tiefe Abneigung gegen Jackson und das, was er vertrat, blieb ungebrochen. Als das Harvard College Jackson 1833 die Ehrendoktorwürde verlieh, weigerte sich Adams, an der Zeremonie an seiner Alma Mater teilzunehmen. Er erklärte, er werde „nicht dabei sein, wenn die höchsten Ehren einem Barbaren verliehen werden, der keinen Satz Grammatik schreiben und kaum seinen eigenen Namen buchstabieren kann.“
Adams hatte sich 1829 in der Stadt Quincy in Massachusetts ins Privatleben zurückgezogen, aber nur für kurze Zeit; 1830 wurde er, weitgehend unterstützt von Mitgliedern der Anti-Freimaurer-Bewegung (einer politischen Kraft, die sich ursprünglich in Opposition zur Freimaurerei gebildet hatte), in das nationale Repräsentantenhaus gewählt. Als man ihm vorschlug, dass die Annahme dieses Amtes einen ehemaligen Präsidenten entwürdigen würde, antwortete Adams, dass niemand entwürdigt werden könne, wenn er dem Volk als Vertreter im Kongress oder als Stadtrat diene. Er gehörte dem Repräsentantenhaus von 1831 bis zu seinem Tod im Jahr 1848 an. Aber er hatte seine Hoffnungen auf eine Wiederwahl ins Präsidentenamt nicht aufgegeben – ob als Kandidat der Anti-Freimaurer-Partei (in der er sehr aktiv war, solange diese Partei politische Möglichkeiten hatte) oder der Nationalen Republikanischen Partei oder eines Zusammenschlusses beider Parteien oder sogar der späteren Whig-Partei – immer in seiner eigenen Vorstellung als ein „Mann der ganzen Nation“. Allmählich verblassten diese Hoffnungen.