Bischof William Quarter, der erste Bischof von Chicago, beaufsichtigte die Gründung und frühe Entwicklung der University of Saint Mary of the Lake mit dem vorrangigen Ziel, Priester für die wachsende Diözese zu weihen. Nach Jahren florierenden Betriebs, aber wachsender finanzieller Belastung, musste die Universität 1866 geschlossen werden.
Aufgrund des Bedarfs an mehr Priestern sah sich Erzbischof George Mundelein gezwungen, die Einrichtung um 1921 als Saint Mary of the Lake Seminary wieder zu eröffnen. Im Jahr 1926 eröffnete das Seminar eine neue Kirche auf dem Campus, die von dem Chicagoer Architekten Joseph W. McCarthy entworfen wurde. International bekannt wurde die Einrichtung 1926 als Austragungsort des 28. Internationalen Eucharistischen Kongresses.
Im September 1929 erhielt das Seminar eine zweite Urkunde, dieses Mal vom Heiligen Stuhl. Kardinal Mundelein erhielt von der Heiligen Kongregation für Seminare und Universitäten die Vollmacht, die internationalen akademischen Grade des Heiligen Stuhls zu verleihen. Im Jahr 1934 wurde der Kirchlichen Theologischen Fakultät von Mundelein diese Befugnis dauerhaft verliehen. Das Seminar war damit die erste amerikanische Einrichtung, die gemäß der Apostolischen Konstitution als päpstliche theologische Fakultät anerkannt wurde. Der bahnbrechende liturgische Führer und Kaplan der Katholischen Aktion, Msgr. Reynold Henry Hillenbrand, war von 1936 bis 1944 Rektor des Seminars St. Mary of the Lake.
Unter der Leitung von Kardinal Albert Meyer eröffnete das Seminar 1961 einen zweiten Campus in Niles, Illinois. Der Campus in Niles wurde zum Standort für das zweijährige Programm der freien Künste. Der Mundelein-Campus umfasste das Oberstufenstudium in Philosophie, gefolgt von einem vierjährigen Theologiestudium. Unter Kardinal Meyers Nachfolger, Kardinal John Cody, wurde der Studiengang an die Loyola University of Chicago angegliedert und wurde zum Niles College der Loyola University. Das St. Mary of the Lake Seminary war nun eine reine Theologieschule. Das Programm, das aus dieser Überarbeitung hervorging, wurde mehr als ein Jahrzehnt lang weitergeführt, wobei seine akademischen, geistlichen und pastoralen Aspekte durch das Programm für die Priesterausbildung der Nationalen Katholischen Bischofskonferenz und die Richtlinien der Heiligen Kongregation für die katholischen Institutionen geleitet wurden.
1971 wurde das Seminar St. Mary of the Lake in die Association of Theological Schools of the United States and Canada aufgenommen, die Akkreditierungsstelle für theologische Seminare und Divinity Schools.
1976 gab es zwei Meilensteine in der Geschichte des Seminars. In Zusammenarbeit mit dem Center for Pastoral Ministry, der Weiterbildungseinrichtung der Erzdiözese Chicago, begann das Seminar mit einem Studienprogramm, das zum neuen Doktortitel für Geistliche führte. Ebenfalls 1976 feierte das Seminar den 50. Jahrestag der ersten Priesterweihen, die in der Kapelle der Unbefleckten Empfängnis stattfanden.
Im Jahr 1982 leitete die Fakultät des Seminars unter der Leitung von Erzbischof Joseph Bernardin eine gründliche Überarbeitung des Programms ein, das seit zehn Jahren bestand. Die Änderungen hatten zum Ziel, die in der dritten Auflage des Programms für die Priesterausbildung festgelegten Ziele besser umzusetzen.
Im Jahr 1986 kündigte Kardinal Bernardin an, dass die Universität St. Mary of the Lake wiederbelebt werden sollte, indem eine Weiterbildungsschule, das Center for Development in Ministry, auf dem Campus eingerichtet werden sollte. Das neue Zentrum sollte die Weiterbildungsarbeit für Priester fortsetzen, die Aufgabe des Zentrums für pastoralen Dienst war, aber es sollte nun erweitert werden, um allen im Dienst stehenden Personen, Klerikern, Ordensleuten und Laien, Weiterbildungsmöglichkeiten zu bieten. Das St. Mary of the Lake Seminary nahm wieder den Namen seiner ursprünglichen Gründungsurkunde von 1844 an, die University of Saint Mary of the Lake, und ehrte seinen zweiten Gründer durch die Umbenennung der Graduiertenschule in Mundelein Seminary.
Im Jahr 1996 wurde das Mundelein Seminary von Mitgliedern des bischöflichen Seminarkomitees besucht. Nach einer Reihe von Treffen mit Dozenten und Studenten sprachen sich die Mitglieder des Ausschusses nachdrücklich für das Seminarprogramm aus.
Kardinal Francis George setzte diese Entwicklung der Universität im Februar 2000 fort, indem er die Programme der Erzdiözese Chicago zur Ausbildung von Geistlichen in das Seminar überführte. Drei frühere Einrichtungen des Pastoralzentrums wurden dorthin verlegt, um Programme des Mundelein Seminary zu werden. Zu USML kamen in diesem Jahr das Laienausbildungsprogramm, das Diakonatsausbildungsprogramm und das Instituto de Liderazgo Pastoral. Obwohl sie von der Priesterausbildung getrennt bleiben, sollen sie alle unter der Ägide des Seminars zusammenarbeiten, um die Vorbereitung und Ausbildung aller am pastoralen Dienst Beteiligten voranzutreiben. Es wurde auch mit Plänen begonnen, die Weiterbildungsprogramme des Zentrums für die Entwicklung des Dienstes von der Universität zu trennen und sie als eine Einrichtung des Pastoralen Zentrums anzusiedeln. Zu diesen Plänen gehörte auch der weitere Betrieb eines Konferenzzentrums an der Universität St. Mary of the Lake. Damit würde das Mundelein Seminar zum Zentrum für die gesamte Grundausbildung für den Dienst, während die Weiterbildung anderen Einrichtungen überlassen würde. Um diese Entwicklung widerzuspiegeln, beschloss der Beirat, einen zusammengesetzten Namen anzunehmen: University of Saint Mary of the Lake / Mundelein Seminary. Dies entspricht dem Stil der meisten päpstlichen Universitäten, die einen offiziellen Namen und einen gemeinsamen Namen haben, die austauschbar sind.
Ebenfalls im Jahr 2000 gründete Kardinal George das Liturgische Institut an der Universität St. Mary of the Lake / Mundelein Seminar. Dies ist der erste Schritt in einer neuen Vision des Kardinals, die Universität um spezialisierte Institute zu erweitern, um die wichtigsten Dienste der Erzdiözese zu unterstützen.
Der Mundelein-Psalter, die erste vollständige einbändige Ausgabe mit den genehmigten englischsprachigen Texten des Stundengebets mit Psalmen, die für den Gesang des Göttlichen Offiziums bestimmt sind, wurde 2007 veröffentlicht.
Am 22. September 2012 wurde Schwester Sara Butler, M.S.B.T., Ordentlichen Generalversammlung der Bischofssynode über die Neuevangelisierung im Oktober 2012 zu einer der päpstlichen Expertinnen gewählt.
Monsignore Dennis J. Lyle war der scheidende Rektor und Präsident des Priesterseminars und der Universität; er wurde am 1. Juli 2012 von Reverend Father Robert Barron abgelöst. Pater Thomas A. Baima ist Vizerektor für akademische Angelegenheiten und koordiniert die Schulen und Institute der Universität. Am 3. Dezember 2012 wurde Elizabeth Nagel zur Nachfolgerin von Pater John G. Lodge als Präsidentin der Päpstlichen Theologischen Fakultät (hauptsächlich Laien und Postgraduierte) ernannt.