Verwaltungsmäßig ist die Westliche Wüste auf verschiedene Gouvernements aufgeteilt; im Norden und Westen verwaltet das Gouvernement Matrouh das Gebiet vom Mittelmeer südlich bis ca. 27*40′ nördlicher Breite und das Gouvernement New Valley von dort bis zur sudanesischen Grenze, während im Osten Teile der Westlichen Wüste in den Gouvernements Giza, Fayyum, Beni Suef und Minya liegen.
Ein Autor beschreibt die Region als „eine Hochebene, die im Durchschnitt etwa 500 Fuß über dem Meeresspiegel liegt, karg, mit Geröll und Felsbrocken übersät, von dunkelbrauner Farbe, gelegentlich mit Gestrüpp übersät und auf den ersten Blick flach“. Er stellt auch fest, dass nur wenig von dem Gebiet „der romantischen Vorstellung … der Hollywood-Kulisse windgeformter Dünen mit gelegentlichen, von Palmen gesäumten Oasen“ entspricht (obwohl es solche Gebiete im Sandmeer gibt, wo die Dünen zu fantastischen Formen geformt sind); das Gebiet ist auch der Standort einer Reihe von Oasen, die dort entstanden sind, wo das Land weit genug abfällt, um auf das Grundwasser zu treffen. Diese Oasen erstrecken sich in einem Bogen von Siwa im Nordwesten nahe der libyschen Grenze über Bahariya, Farafra und Dakhla bis nach Kharga im Süden. Östlich von Siwa liegt die Qattara-Senke, ein tiefliegendes Gebiet mit Salzsümpfen, das sich 310 km von Westen nach Osten und 135 km von Norden nach Süden erstreckt. Weiter östlich, in der Nähe des Nils, liegt in einer weiteren Senke die Oase Fayyum, ein dicht besiedeltes Gebiet, das vom Hauptniltal getrennt ist.
Im Süden, jenseits der Oase Bahariya, liegt die Schwarze Wüste, ein Gebiet mit schwarzen vulkanischen Hügeln und Doleritablagerungen. Dahinter, nördlich von Farafra, liegt die Weiße Wüste, ein Gebiet mit windgeformten Kreidefelsen, die dem Gebiet seinen Namen geben. Südlich von Kharga steigt das Plateau zum Gilf Kebir an, einer Hochlandregion an der ägyptisch-sudanesischen Grenze, in der sich prähistorische Stätten wie die Höhle der Schwimmer befinden.
Im Südwesten, in der Nähe des Punktes, an dem die Grenzen von Libyen, Sudan und Ägypten zusammentreffen, befindet sich ein Gebiet aus Wüstenglas, von dem man annimmt, dass es durch einen Meteoriteneinschlag bei Kebira, jenseits der Grenze in Libyen, entstanden ist.
Das Große Sandmeer ist ein etwa lungenförmiges Gebiet aus Sandwüste, das an der Grenze zu Libyen liegt, 320 km landeinwärts vom Mittelmeer. Das Meer wird durch eine lange Halbinsel aus Steinwüste entlang der Grenze geteilt, wobei der östliche Lappen in Ägypten und der westliche in Libyen liegt, wo er Calanshio-Wüste genannt wird. Auf der ägyptischen Seite erstreckt sie sich von einem Punkt südlich von Siwa über 640 km ins Landesinnere bis zu einem Punkt nördlich des Jebel Uweinat.