Administrativamente, el Desierto Occidental está dividido entre varias gobernaciones; en el norte y el oeste, la gobernación de Matrouh administra la zona desde el sur del Mediterráneo hasta aproximadamente 27*40′ de latitud norte, y la gobernación del Nuevo Valle desde allí hasta la frontera con Sudán, mientras que en el este partes del Desierto Occidental se encuentran en las gobernaciones de Giza, Fayyum, Beni Suef y Minya.
Al sur, más allá del oasis de Bahariya, se encuentra el desierto negro, una zona de colinas volcánicas negras y depósitos de dolerita. Más allá, al norte de Farafra, se encuentra el Desierto Blanco, una zona de formaciones rocosas de tiza esculpidas por el viento, que dan nombre a la zona. Al sur de Kharga, la meseta se eleva hacia el Gilf Kebir, una región de tierras altas situada a horcajadas en la frontera entre Egipto y Sudán y que alberga yacimientos prehistóricos como la Cueva de los Nadadores.
En el suroeste, cerca del punto en el que se unen las fronteras de Libia, Sudán y Egipto, hay una zona de cristal del desierto, que se cree que se formó por el impacto de un meteorito en Kebira, al otro lado de la frontera en Libia.
El Gran Mar de Arena es una zona de desierto arenoso con forma de pulmón que se encuentra a horcajadas de la frontera con Libia, a 320 km (200 mi) tierra adentro del Mediterráneo. El mar está dividido por una larga península de desierto rocoso a lo largo de la frontera, quedando el lóbulo oriental en Egipto y el occidental en Libia, donde se denomina desierto de Calanshio. En el lado egipcio se extiende desde un punto al sur de Siwa durante 640 km hacia el interior, hasta un punto al norte del Jebel Uweinat.