Viable Cell Counting
Näytteessä olevien bakteerien lukumäärän laskemiseen on useita eri tapoja. Elinkelpoisten solujen lukumäärän avulla voidaan määrittää aktiivisesti kasvavien/jakautuvien solujen määrä näytteessä. Levylaskentamenetelmä tai levityslevy perustuu siihen, että bakteerit kasvattavat pesäkkeitä ravintoalustalla. Pesäkkeet näkyvät paljaalla silmällä, ja pesäkkeiden lukumäärä levyllä voidaan laskea. Ollakseen tehokas alkuperäisen näytteen laimennus on järjestettävä siten, että kohdebakteerista kasvaa keskimäärin 30-300 pesäkettä. Jos pesäkkeitä on vähemmän kuin 30, tulkinta ei ole tilastollisesti luotettava, ja jos pesäkkeitä on enemmän kuin 300, syntyy usein päällekkäisiä pesäkkeitä ja laskenta on epätarkkaa. Sen varmistamiseksi, että saadaan aikaan sopiva määrä pesäkkeitä, viljellään yleensä useita laimennoksia. Laboratoriomenetelmässä näytteestä tehdään sarjalaimennokset (1:10, 1:100, 1:1000 jne.) steriiliin veteen ja viljellään niitä ravintoagarilla suljetussa ja inkuboidussa astiassa. Tyypillisiä elatusaineita ovat Plate count agar yleistä laskentaa varten tai MacConkey agar gramnegatiivisten bakteerien, kuten E. coli -bakteerien, laskemiseksi. Tyypillisesti yhtä levysarjaa inkuboidaan 22 °C:ssa 24 tuntia ja toista levysarjaa 37 °C:ssa 24 tuntia. Ravintoaineen koostumus sisältää yleensä reagensseja, jotka vastustavat muiden kuin kohdeorganismien kasvua ja tekevät kohdeorganismista helposti tunnistettavan, usein väliaineen värimuutoksen perusteella. Joihinkin uusimpiin menetelmiin sisältyy fluoresoiva aine, jotta pesäkkeiden laskenta voidaan automatisoida. Inkubaatioajan päätyttyä pesäkkeet lasketaan silmämääräisesti, mikä kestää muutaman hetken eikä vaadi mikroskooppia, koska pesäkkeet ovat tyypillisesti muutaman millimetrin läpimittaisia.
Valuulevymenetelmää käytetään, kun analyysissä etsitään bakteerilajeja, jotka kasvavat huonosti ilmassa. Alustava analyysi tehdään sekoittamalla näytteen sarjalaimennokset nestemäiseen ravintoagariin, joka sitten kaadetaan pulloihin. Pullot suljetaan ja asetetaan kyljelleen, jolloin syntyy kalteva agar-pinta. Pesäkkeet, jotka kehittyvät väliaineen runkoon, voidaan laskea silmämääräisesti inkuboinnin jälkeen. Pesäkkeiden kokonaismäärää kutsutaan elinkykyisten pesäkkeiden kokonaismääräksi (Total Viable Count, TVC). Mittayksikkö on cfu/ml (tai pesäkkeitä muodostavia yksiköitä millilitrassa), ja se koskee alkuperäistä näytettä. Sen laskeminen tapahtuu kertomalla laskettu pesäkkeiden lukumäärä käytetyllä laimennoksella. Esimerkkejä elinkykyisten solujen laskennasta ovat nestemäisen viljelmän sarjalaimennoksesta tehdyt levityslevyt ja valulevyt. Levityslevyllä tehdään sarjalaimennoksia nestemäiseen väliaineeseen ja levitetään sitten tunnettu määrä laimennossarjan viimeisestä putkesta. Levyllä olevat pesäkkeet voidaan sitten laskea ja laskea alkuperäisen viljelmän bakteeripitoisuus. Kaatolevymenetelmässä laimennettu bakteerinäyte sekoitetaan sulatettuun agariin ja seos kaadetaan petrimaljaan. Jälleen pesäkkeet lasketaan ja elinkelpoisten solujen määrä lasketaan.