ChIP-seq-palvelu
Kromatiini-immunoprecipitaatio (ChIP) on klassinen kokeellinen menetelmä proteiinin ja DNA:n välisen vuorovaikutuksen tutkimiseen, ja sitä käytetään laajalti siihen liittyvillä aloilla, kuten histonimodifikaation ja tiettyjen transkriptiofaktoreiden säätelemän geeniekspression tutkimisessa. NGS-teknologian kehittyessä ja kypsyessä ChIP-sekvensointi (ChIP-seq), joka on kromatiinin immunoprecipitaatiokokeiden ja korkean läpimenon sekvensoinnin yhdistelmä, mahdollistaa proteiinien sitoutumiskohtien tehokkaan ja tarkan seulonnan koko genomissa. Lisäksi erikoistuneisiin proteiineihin liittyviä DNA:n sitoutumiskohtia voidaan verrata eri solutyypeissä ja kudoksissa, koska elävät solut ovat peräisin proteiini-DNA-komplekseista.
Intro to ChIP Sequencing
ChIP-seq kuulostaa RNA-seq:n tapaan salaperäiseltä ja monimutkaiselta, mutta se ei ole sitä. Tässä on lempeä johdatus aiheeseen, jossa käsitellään kokeen perusteita, miten dataa käsitellään ja millaisia asioita sillä voi tehdä.
Näyteohje
| Palvelu | Näytetyyppi | Miinusmäärä | Miinuspitoisuus | Laatu |
|---|---|---|---|---|
| ChIP-…seq | DNA | 10ng | 1 ng/µL | Fragmentoitu 100-300bp:ksi |
*Konsentraation mittaaminen Qubitilla on erittäin suositeltavaa.
*Tarjoa Bioanalyzer-tulokset näytteestäsi, jos ne ovat saatavilla.
*Tarjoa ChIP:stä saatu DNA nukleaasivapaassa vedessä. Jos DNA-sirua ajettaessa Bioanalyzer 2100:ssa havaitaan RNaasia, RNaasin aiheuttaman kontaminaation puhdistamisesta aiheutuvat kustannukset veloitetaan.
Palvelun työnkulku
Analyysiputkilinja (yleiskäyttöinen)
.