Syvällä Chihuahuanin autiomaassa sijaitseva El Capitania ympäröivä alue koostuu jylhistä vuorista ja tuulen pyyhkimistä suolatasanteista. Tämän seurauksena suurin osa alueen intiaanien läsnäolosta keskittyi noin kolme mailia El Capitanista kaakkoon alueelle, jota nykyään kutsutaan Pine Springsiksi. Tämä alue on lähteiden, vuotojen ja kasvillisuuden keidas, ja siellä on todisteita (mescal-kuoppia, petroglyfejä, artefakteja jne.) ihmisen oleskelusta useiden vuosisatojen ajan. Viimeksi alueella asui kausiluonteisesti Mescalero Apache -joukkoja, joita raivokkaasti ekspansiiviset komanssit työnsivät jatkuvasti etelään 1700-luvulla ja jotka käyttivät paikallista tietämystään lähteistä ja muista niukoista resursseista säilyttääkseen itsensä muutoin ankarassa ympäristössä 1800-luvulle asti, jolloin angloamerikkalaisten ekspansio ja asuttaminen lopettivat heidän herkästi tasapainoisen elämäntapansa.
Vaikka satunnaiset espanjalaiset retkikunnat, kuten Antonio de Espejon retkikunta vuonna 1582, tulivat lähelle El Capitanin aluetta, pysyvä englantilais-eurooppalainen läsnäolo alueella ajoittuu 1840-luvun loppupuolelle, jolloin alueesta tuli virallisesti osa Yhdysvaltoja amerikkalaisten voitettua Meksikon-Amerikan sodan. Useat retkikunnat halusivat löytää sopivan reitin San Antoniosta El Pasoon ja lopulta kaukaisille amerikkalaisille alueille Tyynenmeren rannikolla, ja useat retkikunnat tunkeutuivat kuumille, kuiville ja vaarallisille Pecos-joen länsipuolisille alueille toivoen löytävänsä mahdollisen vaunureitin, jolla olisi riittävästi puuta ja vettä, jotta matka olisi jatkuva. Yksi näistä retkikunnista, jota johti intiaaniagentti Robert S. Neighbors, pääsi El Pasoon vuonna 1849 vaikean matkan kautta, joka vaati Pecos- ja Devil’s-jokien ylittämistä ja uudelleen ylittämistä ja selviytymistä pitkällä ja kuivalla matkalla Davis-vuorilta El Pasoon. Pettyneenä paluuseen samaa reittiä, ryhmä lähti sen sijaan El Pasosta itään kohti Hueco Tanksia ja Guadalupe Passia, jota pitkin he toivoivat pääsevänsä Pecos-joen vakiintuneeseen ylityspaikkaan lähellä nykyistä Teksasin ja Uuden Meksikon rajaa, jota meksikolaiset ja intiaanit käyttivät jo pitkään. Onnistuessaan pääsemään Pecos-joelle Neighbors laskeutui nopeasti jokea alas ja palasi San Antonioon, jossa hän raportoi esimiehilleen, että tämä reitti tarjosi hyvää vettä Hueco Tanksissa, hyvää puustoa lähellä vuoria ja helpon reitin Guadalupe Passin kautta Pecos-joelle. Tästä tiestä, jota alettiin kutsua ”ylemmäksi” tieksi erotukseksi alkuperäisestä ”alemmasta” tiestä, joka kulki Fort Davisin läpi ja Rio Grandea pitkin El Pasoon, tuli pian kauppiaiden ja siirtolaisten suosiossa, sillä heidän pitkät vaunu- ja muulijunansa kulkivat lähellä El Capitanin synkkiä kasvoja. Liikenne lisääntyi vuonna 1858, kun Butterfieldin postivaunut alkoivat käyttää ylempää tietä El Pason ja Pope’s Crossingiksi kutsutun Pecos-joen ylityspaikan välillä sen armeijan upseerin John Popen mukaan, joka oli kartoittanut ylityspaikan kaksi vuotta aiemmin. Postivaunulinja hyödynsi saatavilla olevaa vettä ja puutavaraa ja rakensi aseman Pineryyn, jota myöhemmin kutsuttiin Pine Springsiksi, kolme mailia El Capitanista kaakkoon. Vaikka tämä asema kesti vain vuoden, ennen kuin reitti siirrettiin etelään Stocktonin ja Davisin linnakkeiden suojaan, sotilaat, rahdinkuljettajat ja siirtolaiset käyttivät Pineryn asemaa vielä pitkään sen jälkeen.
Tänä aikana El Capitanilla käytiin myös El Pason suolasotaa, joka oli meksikolais-amerikkalaisten asukkaiden ja englantilaisten liikemiesten välinen väkivaltainen kamppailu pääsystä vuoren juurelta länteen levittäytyville suola-alueille. Apassit tunsivat suolatasangot jo pitkään, ja eurooppalaiset havaitsivat ne ensimmäisen kerran vuonna 1692 Diego de Vargasin retkikunnan toimesta. Meksikolaisista ja myöhemmin meksikolais-amerikkalaisista tuli nopeasti tärkeä paikallinen luonnonvara, ja sukupolvien ajan meksikolaiset ja meksikolais-amerikkalaiset uhmasivat neljää päivää kestänyttä kuumaa ja vaarallista reittiä San Elizariosta Rio Granden varrella Hueco-vuorille ja sieltä itään kohti El Capitania täyttääkseen vaununsa arvokkaalla suolalla. Tämä kaikki muuttui 1840-luvun lopulla, kun alueelle alkoi tulla enemmän englantilaisia. Meksikolaisten lakien ja perinteiden mukaan suolatasangot olivat yhteisomaisuutta, mutta amerikkalaisen perinteen mukaan ne olivat lunastamattomia maita, joita kuka tahansa kansalainen saattoi vaatia ja ostaa yksityisomaisuudeksi. Paikalliset liikemiehet yrittivät 1870-luvulle tultaessa vaatia suola-alueita haltuunsa, mutta paikalliset asukkaat vastustivat niitä väkivaltaisesti, sillä ilmainen suola oli tärkeä lisä alueen maanviljelyyn ja karjankasvatukseen perustuvalle taloudelle. Konflikti kärjistyi joulukuussa 1877, kun vihainen väkijoukko murhasi Charles Howardin, joka oli yrittänyt lunastaa suola-alueita, ja kaksi kollegaansa. Tämä johti nopeasti laajoihin väkivaltaisuuksiin paikallisia meksikolais-amerikkalaisia perheitä vastaan, ja monet pakenivat Rio Granden eteläpuolelle. Kun pöly oli laskeutunut, suolatasangot oli lunastettu, ja paikalliset asukkaat joutuivat maksamaan suolasta, joka vuosisatojen ajan oli ollut ilmaista.
1900-luvun alkuvuosikymmeniin mennessä El Pason ja Carlsbadin, New Mexicon, välille oli rakennettu yleiskelpoinen tie. Tie otettiin käyttöön vuonna 1928 nimellä U.S. Highway 62, ja se toi alueelle uuden sukupolven kävijöitä erityisesti sen jälkeen, kun läheinen Carlsbad Caverns National Park avattiin vuonna 1930. Jo vuosikymmeniä ennen Guadalupe Mountainsin kansallispuiston perustamista auto- ja bussimatkailijat pysähtyivät tienvarren levähdyspaikoille ihailemaan El Capitanin jyrkkiä rinteitä, ottamaan valokuvia ja kirjoittamaan nopeita viestejä postikorttien kääntöpuolelle, joissa oli vuoren mahtavat kasvot.Tänä aikana El Capitania ympäröivän alueen omisti James Adolphus Williams, jonka Williams Ranchin talo on yhä puiston mailla vuoren länsipuolella. Useiden taloudellisten takaiskujen jälkeen Williams myi maat vuonna 1941 Van Hornissa, Texasissa asuvalle tuomari J.C. Hunterille, joka oli vauras öljymies ja varhainen luonnonsuojelija, jonka Guadalupe Mountains Ranch -tilalle kuului lopulta 75 000 hehtaaria maata Guadalupessa, mukaan lukien osia McKittrick Canyonista. Hunter kannatti jo varhain puiston perustamista Guadalupesin eteläosien suojelemiseksi ja kampanjoi useiden vuosien ajan kuolemaansa saakka vuonna 1945. Hunterin poika J.C. Hunter Jr. peri isänsä halun suojella aluetta sen maisemallisen kauneuden ja geologisen merkityksen vuoksi ja teki yhteistyötä National Park Servicen virkamiesten kanssa sellaisen sopimuksen aikaansaamiseksi, jonka ansiosta puistopalvelu voisi ostaa maata kansallispuistoksi. Osavaltion ja liittovaltion lainsäätäjien, puistoviranomaisten ja tieinsinöörien sekä kiinteistönomistajien ja paikallisten karjankasvattajien kanssa käytyjen piinaavien neuvottelujen jälkeen Hunterin lahjoitus, johon kuuluivat El Capitan ja Guadalupe Peak, luovutettiin lopulta puistopalvelulle vuonna 1969. Kolme vuotta myöhemmin Guadalupe Mountainsin kansallispuisto avattiin virallisesti, mikä mahdollisti yleisön pääsyn alueelle.