Järvet, joet ja vuoret ovat luonnollisia rajoja, joilla ei ole erityisiä merkkejä maastossa.
Jokien ja järvien
Jokien ja järvien kohdalla raja kulkee yleensä vesistön keskellä. Genevenjärvi muodostaa rajan Ranskaan, Rein-joki Saksaan ja Inn-joki Itävaltaan. Poikkeuksia tähän sääntöön ovat Doubs-joki Juran kantonissa, jossa raja kulkee sveitsiläisen joen rannan kautta, ja Morge-joki St-Gingolphissa, jossa Sveitsin joen rannan yläreuna määrittää rajan.
Näillä poikkeuksilla on historialliset juuret, ja ne heijastavat osallistujavaltioiden valtasuhteita rajojen määrittelyn ajankohtana. Kyseiset rajamäärittelyt on vahvistettu kansainvälisissä sopimuksissa vielä nykyäänkin.
Bodenjärvi on erityistapaus, sillä kolme rantavaltiota, Sveitsi, Saksa ja Itävalta, eivät ole koskaan määritelleet laillista rajaa. Kolmen valtion välillä on määritelty vain tekninen raja. Järveä pidetään kolmen rantavaltion suvereniteetin alaisena kondominiumina. Kaikki sen rajaan liittyvät kysymykset käsitellään näiden maiden välisillä kirjallisilla sopimuksilla.
Seuraavista asioista on tehty kirjalliset sopimukset.