GO Terms Classifications Counter

CateGOrizer, joka tunnettiin aiemmin nimellä ”GO Terms Classifications Counter”, on parannettu ilmainen verkkotyökalu, jonka avulla käyttäjät voivat analysoida GO-termiä sisältäviä tietokokonaisuuksia niiden edustamien GO-luokkien suhteen. Gene-ontologian (GO) yksi hyödyllinen ominaisuus on, että se auttaa kuvaamaan termien perushierarkioita ja termien välisiä suhteita biologian kontekstissa. On yleensä vaikea tehtävä saada selkeä kuva siitä, miten joukko GO-termejä edustaa GO:n geeniluokkia. Tämä verkkotyökalu yksinkertaistaa tietokantojen päättelyä ryhmittelemällä ja luokittelemalla GO-luokkia tiettyihin luokittelumenetelmiin, kuten GO-Slimiin, hyödyntäen GO-tietokannan transitiiviseen sulkeutumiseen perustuvia ennalta laskettuja termien suhteita. Työkalu koostuu joukosta perl CGI-ohjelmia, jotka on yhdistetty MySQL-tietokantajärjestelmään, joka tallentaa GO-termiä koskevat DAG-tiedot.

	YHTEENVETO: Geenien funktioryhmien GO-merkintöjen eräkohtainen analyysi on hyödyllinen osa korkean läpimenon mikrosiru- tai EST-tiedon analyysiä.Tämä apuohjelma on tarkoitettu käyttäjille, jotta he voivat selvittää omien GO-termiensä esiintymät kussakin ennalta määritellyssä joukossa vanhemmissa/esivanhemmissa GO-termeissä. Ohjelma ottaa syötteeksi GO-termit (esim. GO:0007067) luettelomuodossa tai muotoilemattomassa tavallisessa tekstitiedostossa, suorittaa vaiheittaisen luokittelun jotakin saatavilla olevaa GO-luokitusmenetelmää, kuten GO_slim, GOA, EGAD, MGI_GO_slim, GO-ROOT jne. vastaan käyttäjän valinnan mukaan,tai jotakin omaa luokitusmenetelmää vastaan, ja palauttaa sitten tulokset webissä (jos siihen menee liikaa aikaa, se lähettää sähköpostiviestin, jossa on linkki tuloksiin käyttäjälle). Tulokset sisältävät taulukon, jossa luetellaan kaikki lopulliset lukumäärät ja prosenttiosuudet sekä piirakkakaavio.
	JÄRJESTELMÄ: Työkalun käyttö on yhtä helppoa kuin näiden kolmen vaiheen noudattaminen: Vaihe 3. Valitse ”Valitse”: Laske GO-termien esiintymät kussakin esi-isäluokassa Ohjevideo (japani)
	KYSYMYKSIÄ JA VASTAUKSIA: Työkalun oikeaan käyttöön ja siihen liittyviin kysymyksiin löydät tämän luettelon Usein kysytyt kysymykset (FAQ). Jos sinulla on jokin kysymys, jota tämä FAQ ei kata, älä epäröi kertoa meille.Kaikki palautteet ongelmista ja ehdotukset työkalun parantamiseksi ovat tervetulleita.
	JULKAISUT: Zhi-Liang Hu, Jie Bao ja James M. Reecy (2008) ”CateGOrizer: A Web-Based Program to Batch Analyze Gene Ontology Classification Categories”. Online Journal of Bioinformatics. 9 (2):108-112. Google citations: 244 vuoteen 2020 mennessä Zhi-Liang Hu, Jie Bao ja James M. Reecy (2007). ”A Gene Ontology (GO) Terms Classifications Counter”. Plant & Animal Genome XV -konferenssi, San Diego, CA, 13.-17. tammikuuta 2007.