Munuaisilla on merkittävä rooli happo-emästasapainon säätelyssä, sillä ne imevät glomerulien suodattamaa bikarbonaattia ja erittävät titrattavia happoja ja ammoniakkia virtsaan. CKD:ssä munuaisten toiminnan heikentyessä esiintyy happoretentiota ja metabolista asidoosia, mutta happoretention laajuus riippuu paitsi munuaisten vajaatoiminnan asteesta myös ravinnon happokuormituksesta. Happoretentiota voi esiintyä, vaikka seerumin bikarbonaattipitoisuus olisi näennäisesti normaali. Kun munuaisten toiminta on heikentynyt, haponkuljetusprosessit elossa olevissa nefroneissa lisääntyvät, mutta sairauden edetessä ammoniakin erittyminen ja joillakin henkilöillä bikarbonaatin takaisinimeytymiskyky heikkenevät, kun taas titrattavissa oleva hapon erittyminen säilyy, kunnes munuaisten toiminta on vakavasti heikentynyt. Virtsan ammoniakkipitoisuuksia käytetään arvioimaan munuaisten vastetta happokuormaan, ja ne arvioidaan parhaiten virtsan ammoniakkipitoisuuden suoralla mittauksella eikä epäsuorilla arvioilla. Henkilöillä, joilla on CKD:stä johtuva asidoosi, epäasianmukaisesti alhainen ammoniakin erittymisaste viittaa heikentyneen virtsahapon erittymisen patogeeniseen rooliin. Normaalin bikarbonaattipitoisuuden esiintyminen CKD:n yhteydessä vaikeuttaa virtsan ammoniakin erittymisen tulkintaa, koska tällaiset henkilöt voivat olla happo-emästasapainossa tai pidättää happoa ilman, että alhainen bikarbonaattipitoisuus ilmenee. Tällä hetkellä päätös bikarbonaattilisän antamisesta CKD:ssä on varattu henkilöille, joiden bikarbonaattitaso on 22 mEq/L, mutta koska ylihoidosta voi olla haittaa, lisähoitoa olisi säädettävä siten, että bikarbonaattitaso on <26 mEq/L.