Johann van Beethoven oli Maria Josepha Ballin (naimisissa 1733) ja Lodewijk eli Ludwig van Beethovenin (1712-1773; ei pidä sekoittaa Johannin kuuluisaan samannimiseen poikaan), joka oli luultavasti syntynyt Mechelenin kaupungissa tai sen lähellä Habsburgien Alankomaissa (nykyään Flanderissa, Belgiassa) ja joka oli toiminut muusikkona useissa yhteisöissä Mechelenissä ja sen ympäristössä ennen kuin hän asettui vuonna 1733 Bonniin, jossa hän toimi muusikkona Kölnin ruhtinaskunnan arkkipiispa-vaalipiispa Kölnin Clemens Augustin Baijerin hovissa nousten kapellimestarin virkaan vuonna 1761. Myös Johann van Beethoven osoitti musiikillista lahjakkuutta, ja hän liittyi hoviin lähinnä laulajana vuonna 1764. Laulun lisäksi (hänen äänialansa, jota yleensä kuvaillaan tenoriksi, saattoi ulottua myös alttoon ja korkeampiinkin rekistereihin) hän soitti viulua ja sitraa sekä soitti ja opetti tuon ajan kosketinsoittimia, muun muassa cembaloa ja klavikordia.
Hän tapasi tulevan vaimonsa Maria Magdalena Keverichin (1746-1787) matkalla Ehrenbreitsteiniin. Hän oli Trierin arkkipiispan Johann IX Philipp von Walderdorffin pääkokin tytär, jonka hovi oli siellä, ja hänellä oli sukulaisuussuhteita Bonnin hoviorkesteriin. Keverich jäi leskeksi jo yhdeksäntoista vuoden iässä. Hän ja Johann vihittiin 12. marraskuuta 1767 Bonnin Pyhän Remigiuksen katolisessa kirkossa. He saivat seitsemän lasta, joista kolme eli aikuisiksi:
- Ludwig Maria van Beethoven (2. huhtikuuta 1769 – 6. huhtikuuta 1769)
- Ludwig van Beethoven (16. joulukuuta 1770 Bonnissa, Kurköln – 26. maaliskuuta 1827)
- Kaspar Anton Karl van Beethoven (8. huhtikuuta 1774 – 15. marraskuuta 1815)
- Nikolaus Johann van Beethoven (2. lokakuuta 1776 – 12. tammikuuta 1848)
- Anna Maria Franziska van Beethoven (23. helmikuuta 1779 – 12. tammikuuta 1848) 27. helmikuuta 1779)
- Franz Georg van Beethoven (17. tammikuuta 1781 – 16. elokuuta 1783)
- Maria Margarete Josepha van Beethoven (5. toukokuuta 1786 – 26. marraskuuta 1787)
Johann huomasi Ludwigin lahjakkuuden ja hänestä tuli hänen ensimmäinen opettajansa. Hän oli kuitenkin useiden todistajien mukaan väkivaltainen isä. ”Oli harvoja päiviä, jolloin häntä ei hakattu pakottaakseen hänet asettumaan pianon ääreen”, kertoi eräs Ludwigin lapsuudenystävä. Eräs hovineuvos kertoi, että Johann lukitsi Ludwigin toisinaan kellariin. Aina kun Ludwig soitti huonosti, Johann huudahti, että se oli häpeäksi perheelle. Johann oli alkoholisti, ja tilanne paheni, kun Maria kuoli vuonna 1787, minkä jälkeen perhe oli yhä riippuvaisempi nuoresta Ludwigista. Vuonna 1789 18-vuotias Ludwig sai aikaan määräyksen, jonka seurauksena puolet Johannin palkasta luovutettiin hänelle perheen elatusta varten.
Johann kuoli vuonna 1792, pian sen jälkeen kun Ludwig oli muuttanut Wieniin opiskelemaan Joseph Haydnin luokse. Hänen työnantajansa, valitsijamies, kirjoitti sardonisesti ystävälleen: ”Viinan valmisteveron tulot ovat kärsineet tappiota Beethovenin kuoleman myötä.”